S2 E1 • Chasse à l'homme

Huit heures après l'évasion, le groupe est réduit à Sucre, Scofield, Burrows, Abruzzi et C-Note. Sur le point d'être rattrapés, un train de marchandises leur permet d'échapper temporairement à leurs poursuivants. T-Bag, abandonné par les autres, n'est pas encore hors course et cherche à faire recoudre sa main au plus vite. Bellick doit partager la traque avec le FBI dont l'agent de tête Mahone découvre le secret du tatouage de Scofield et le suit de près. Veronica échoue en voulant prouver que Terrence Steadman est toujours vivant. Elle est assassinée dans la maison où il est retenu prisonnier.

Première diffusion : 21 août 2006

S2 E2 • Otis

Abruzzi, Sucre et C-Note s'en vont de leurs côtés alors que Michael et Lincoln prévoient un nouveau plan d'évasion. Mais ce plan ne les concerne pas directement, car cette fois, ils devront secourir L.J. du palais de justice avant qu'il ne soit transféré dans une prison en Arizona. Bellick et Pope doivent se confronter à la commission d'enquête chargée de déterminer les raisons de l'évasion de la prison de Fox River. Quant à Apolskis, il fait la rencontre d'une étudiante avec qui il va faire un peu de route jusqu'en Utah. Enfin, T-Bag fait tout ce qu'il peut pour retrouver l'usage de sa main.

Première diffusion : 28 août 2006

S2 E3 • L'erreur est humaine

Michael et Lincoln ont des problèmes alors que l'agent Mahone est à leur poursuite. Sucre est en route pour retrouver Maricruz et C-Note est déterminé à revoir et réunir sa famille malgré leur surveillance. Une personne garde un œil sur Sara, et Bellick (qui a été licencié pour son rôle indirect dans l'évasion de Scofield) s'allie avec une de ses connaissances afin de retrouver les fuyards de Fox River.

Première diffusion : 4 septembre 2006

S2 E4 • Association de malfaiteurs

Bellick et Geary capturent Michael, Lincoln et Nika dans l'espoir de trouver les cinq millions de dollars de Westmoreland. Une famille apprend les dangers de l'auto-stop lorsqu'elle décide de prendre T-Bag, alors que Abruzzi veut se venger de Fibonacci. Kellerman tente de s'approcher de Sarah. Un des fugitifs est capturé.

Première diffusion : 4 septembre 2006

S2 E5 • Plan 1213

Mahone s'intéresse soudainement à l'histoire de D. B. Cooper. Michael et Lincoln sont prêts à tout pour retrouver l'argent de Charles Westmoreland dans un silo en Utah, tandis que T-Bag espère que sa mémoire ne lui fasse pas défaut. De son côté, C-Note connaît un voyage mouvementé dans un train. Sucre se rend à Las Vegas afin d'arrêter le mariage de Maricruz et l'agent Kellerman arrive enfin chez Sara.

Première diffusion : 18 septembre 2006

S2 E6 • L'étau se resserre

À Tooele, Utah, le ranch où est caché l'argent de Westmoreland a été rasé. Mais Scofield, Burrows, T-Bag et Tweener parviennent à localiser l'emplacement du silo, où a été construit une maison. Ils se font passer pour une équipe d'électriciens et commencent à creuser la cave pendant que T-Bag occupe la résidente, une belle blonde légèrement nymphomane. Mahone comprend pourquoi ils vont tous dans l'Utah et son enquête l'amène à déterminer à 100 km près où se trouve le magot. Patoshik trouve refuge d'abord dans un fast-food puis chez une vieille dame qui le prend pour un de ses proches. Sara reçoit des messages codés de Scofield, mais elle ne les déchiffre pas. Le gouverneur Tancredi (le père de Sara) aperçoit Kellerman à la Maison-Blanche, l'homme que sa fille lui avait présenté comme un compagnon de thérapie.

Première diffusion : 25 septembre 2006

S2 E7 • Les Confessions

Tweener qui était allé faire le plein s'est fait capturer dans l'épisode précédent, et une policière débarque dans la maison où les autres creusent. En fait, c'est la fille de la résidente, le groupe la capture et retient les deux femmes en otage. Kellerman réalise que sa couverture avec Sara est compromise. LJ est libéré de prison, et Burrows décide de quitter le groupe pour aller le chercher. La Présidente décide de ne pas donner suite à la nomination du gouverneur Tancredi, ce qui le conduit à se donner la mort; il s'agit en fait d'un assassinat déguisé en suicide. Finalement, Mahone ne parvient pas à faire parler Tweener qui est le seul qui sache où le groupe est en train de creuser...

Première diffusion : 2 octobre 2006

S2 E8 • À la vie, à la mort

Tweener envoie le FBI sur une fausse piste, puis il est abattu par Mahone lors de son transfert. Il s'avère que Mahone travaille pour le Cartel et qu'il doit éliminer les 8 évadés. Michael et Sucre vont mettre leur amitié à l'épreuve tandis que Sara échappe de peu à plusieurs tentatives de meurtre. Bellick et Geary reprennent leur chasse. Au FBI, l'agent Mahone subit un interrogatoire concernant les morts suspectes de Tweener et Abruzzi.

Première diffusion : 23 octobre 2006

S2 E9 • Le Duel

Scofield manque de se faire prendre au jardin botanique où il allait récupérer de la nitroglycérine qu'il avait caché. Il apprend que Mahone a récupéré son disque dur et s'en sert pour le retrouver. Scofield enquête sur Mahone, et va interroger sa femme, se faisant passer pour un agent d'une enquête interne du FBI. Sara comprend où est le point de rendez-vous avec Scofield et part pour le Nouveau-Mexique. C-Note retrouve ses copains de son ancien gang, et organise avec eux les retrouvailles avec sa femme et sa fille malgré la surveillance du FBI. Burrows et son fils continuent leur route pour retrouver Scofield, mais ils se font repérer dans une gare.

Première diffusion : 30 octobre 2006

S2 E10 • Rendez-vous

La réunion entre Sara et Michael est tout sauf romantique du fait que Kellerman et Mahone sont prêts à tout pour les séparer. Lincoln reçoit l'aide de son père, parent que ne connaît pas bien L.J.; Sucre prépare son escapade avec Maricruz, tandis que T-Bag revoit des visages familiers.

Première diffusion : 6 novembre 2006

S2 E11 • Bolshoi Booze

Lincoln rencontre son père qui l'informe qu'il existe un moyen de prouver son innocence. Tandis que l'agent Mahone découvre une pièce cruciale du puzzle, T-Bag réussit à s'échapper et Kellerman torture Sara.

Première diffusion : 13 novembre 2006

S2 E12 • Si près du but

Pendant que Michael, Lincoln, Sucre et Aldo s'apprêtent à rejoindre le lieu d’atterrissage de l'avion, Mahone est à leur poursuite. Alors qu'un cas d'extrême urgence oblige C-Note à faire un faux pas fatal, Bellick et Kellerman se retrouvent en mauvaise posture.

Première diffusion : 20 novembre 2006

S2 E13 • Le Piège parfait

Alors que l'agent Mahone tient Michael et Lincoln en joue et s'apprête à les supprimer, il est interrompu par l'arrivée de la police des frontières qui embarque les deux prisonniers. Mahone et Kellerman préparent un nouveau plan pour se débarrasser des deux frères sur le trajet qui les ramène à la prison de Fox River. T-Bag retrouve la trace de Madame Hollander grâce à une employée à la poste, et Bellick se fait incarcérer à Fox River pour le meurtre de Roy Geary.

Première diffusion : 27 novembre 2006

S2 E14 • Un simple inconnu

Michael, Lincoln et Kellerman vont au Montana pour trouver Terrence Steadman. Bellick a des gros problèmes avec les autres prisonniers de Fox River. C-Note passe la journée seul avec sa fille alors que sa femme est détenue par la police et devra être jugée pour complicité. T-Bag vient de retrouver la famille Hollander.

Première diffusion : 22 janvier 2007

S2 E15 • Entre les lignes

Pour adresser un message à Sara par la télévision, Michael, Lincoln et Kellerman kidnappent un caméraman. Bellick est envoyé à l'infirmerie. Haywire fait la connaissance de deux adolescents, tandis que Sucre vole une voiture au Mexique.

Première diffusion : 29 janvier 2007

S2 E16 • La Fin du voyage

Michael Scofield et Sara se retrouvent enfin. Bill Kim cherche à piéger Kellerman qui aide toujours les deux frères. Mahone s'offre les services de Bellick qui réussit à trouver Charles Patoshik. Enfin, T-Bag enlève la famille Hollander.

Première diffusion : 5 février 2007

S2 E17 • Le Péché originel

Michael et Sara tentent de convaincre Henry Pope de les aider à récupérer l'information qui permettrait de confondre Le Cartel. C-Note craint pour la vie de sa fille quand Mahone réussit à les trouver. Sucre retrouve enfin Maricruz, tandis que T-Bag revient dans la maison de son enfance.

Première diffusion : 19 février 2007

S2 E18 • Dernière Chance

Lincoln, Michael et Sara trouvent la preuve dont ils ont besoin pour dévoiler la conspiration. Mahone utilise C-Note pour localiser Michael. Bellick va au Mexique pour trouver Sucre. T-Bag prend l'identité d'un psychiatre. Kellerman se prépare à assassiner la présidente.

Première diffusion : 26 février 2007

S2 E19 • Le Chantage

Michael utilise l'enregistrement comme moyen de chantage envers la présidente Reynolds pendant que Lincoln sollicite l'aide d'un ami pour un plan de sauvetage. Mahone capture Sara. Au Mexique, T-Bag perd l'argent de Westmoreland tandis que Bellick trouve Sucre. Un nouveau marché est proposé à C-Note.

Première diffusion : 5 mars 2007

S2 E20 • Panama

Sara se sacrifie et se rend aux agents du FBI pour permettre à Michael et Lincoln de s'échapper au Panama. Bellick force Sucre à chercher l'argent de Westmoreland avec lui. C-Note accepte de témoigner contre Mahone en échange de la liberté.

Première diffusion : 19 mars 2007

S2 E21 • L'Appât du gain

Michael rejoint Sucre et Bellick dans leur chasse après T-Bag. Lincoln se retrouve face à Mahone qui préparait un plan pour capturer Michael. À Chicago, le procès de Sara s'ouvre et Sara se voit menacée d'une peine de 12 ans de prison. Pendant ce temps, Kellerman se trouve dans une chambre, il a enfilé son costume et ses médailles et se prépare à se tirer une balle avec son pistolet. Sa sœur reçoit un coup de fil urgent, on la voit se précipiter chez son frère et elle comprend qu'il a fait une tentative de suicide. Kellerman exprime ses remords et ses regrets sur tous les meurtres qu'il a commis. Elle lui dit alors que s'il avait été épargné, c'était certainement une chance de repartir à zéro et réparer ses erreurs en devenant quelqu'un de bien.

Première diffusion : 26 mars 2007

S2 E22 • Sona

Sara est acquittée tandis que Lincoln est innocenté. Kellerman se rend aux autorités. Michael essaie de sauver son frère de Mahone. Sucre part à la recherche de Bellick pour trouver Maricruz. T-Bag est abandonné par le Cartel.

Première diffusion : 2 avril 2007