S4 E1 • De Charybde...

Après avoir fait des recherches sur Whistler, Michael retrouve sa trace à Los Angels . Mahone, Gretchen et Whistler arrivent en limousine à une réception et ce dernier entre pour récupérer une étrange carte appelée "Scylla". Il en tue le propriétaire ainsi que son garde du corps puis va copier la carte mais Michael arrive. Gretchen, se demandant pourquoi Whistler est en retard, arrive à son tour. Michael pointe une arme sur elle, et celle-ci lui apprend que Sara est toujours en vie. Ils sortent du bâtiment, Michael appelle Lincoln et lui demande ce qu’il a vraiment vu ce soir-là. Celui-ci lui apprend qu'il n'a pas examiné la tête en ouvrant la boîte, et que Sucre, Bellick et T-Bag sont sortis de Sona. Lors d’un rendez-vous avec Michael, Mahone partagent ses informations concernant Sara et Scylla. Un peu plus tard, Michael retrouve Mahone et Whistler dans une ruelle, afin que ce dernier lui révèle où se trouve Sara. Michael apprend alors qu'ils travaillent tous les deux contre le Cartel, c'est pourquoi Whistler a tenté de copier la carte. Alors qu'il est sur le point de remettre à Scofield la vraie, Whistler est abattu par Wyatt, le tueur à gages du Cartel. Michael est arrêté par des policiers alors qu’il discutait avec Bruce Bennet avec un téléphone public. Il est finalement conduit chez un agent fédéral de la Sécurité Intérieure, Don Self. Ce dernier l'informe qu'il souhaite monter une équipe constituée de Michael, Lincoln, Mahone, Sucre, Bellick et Sara afin de récupérer Scylla et faire tomber le Cartel, et ce en échange de leur liberté...

Première diffusion : 1 septembre 2008

S4 E2 • Introduction par effraction

Un agent du Cartel est chargé de faire le ménage et de tuer toutes les personnes impliquées de près ou de loin à Scylla, ce livre noir contenant des informations susceptibles de compromettre cette mystérieuse organisation infiltrée à différents niveaux de l'industrie et du gouvernement. Le tueur doit pénétrer la prison fédérale dans laquelle sont détenus Michael et Lincoln pour les abattre. Mais les deux frères ne sont pas en prison. Pour neutraliser le Cartel, l'équipe constituée par Self doit dans un premier temps retrouver Scylla et décrypter les informations afin de localiser le lieu du casse. Don Self leur présente Roland Glenn, un hacker qui leur sera d'une aide précieuse. Tous doivent collaborer en dépit des rancœurs toujours tenaces...Toujours à la recherche de Scylla, tout le groupe de Michael vas se rendre compte de la difficulté qui les attend en découvrant que Scylla est enfaite 6 cartes de données...

Première diffusion : 1 septembre 2008

S4 E3 • À bout de souffle

La bande découvre qu'il faut non pas une carte mais six pour réunir et lire le contenu de Scylla. La mission va donc s'avérer plus longue que prévue. Self, craignant que ses supérieurs ne lui retirent l'affaire, fait monter la pression en leur donnant une journée pour trouver la carte suivante... Puis Self apprend de ses supérieurs que l'opération Scylla est abandonnée et part arrêter les évadés. Michael a cependant le temps d'enregistrer une vidéo des conspirateurs, contraignant ainsi Self à accorder un sursis au groupe des évadés. Lincoln se rapproche de Mahone quand il découvre que le fils de ce dernier a été assassiné par le Cartel. Quant au mystérieux tueur engagé par le Cartel, il tente de soutirer des informations à Bruce Bennett pour retrouver la trace de Scofield, Sara et des autres...

Première diffusion : 8 septembre 2008

S4 E4 • Les aigles et les anges

Grâce à Michael et à la vidéo de la réunion des "6", l'équipe est en mesure de découvrir l'identité du deuxième porteur de carte, ce qui les amène à essayer de copier celle-ci en plein milieu d'un gala de charité en l'honneur de la police de Los Angeles... Le groupe retrouve également T-Bag, qui se fait désormais passer pour Cole Pfeiffer, un personnage créé par Whistler afin d'infiltrer une certaine société de commerce. T-Bag cherche à percer le mystère du livre de Whistler.

Première diffusion : 15 septembre 2008

S4 E5 • L'esprit d'équipe

Sara s'aperçoit qu'elle est suivie et Mahone fait le lien entre la personne qui la suivait et celle qui a tué son fils. T-Bag commence à éveiller les soupçons au sein de Gate. Pour récupérer la 3e carte, l'équipe doit forcer le coffre-fort de quelqu'un qui travaille dans le même bâtiment que Self. Finalement, Gretchen arrive à s'échapper et on découvre que le Général Krantz est en fait le Chef du Cartel.

Première diffusion : 22 septembre 2008

S4 E6 • Tous pour un

Michael est sur la piste de la quatrième carte dans un hippodrome, où Mahone se fait arrêter par la police. L'équipe se demande s'ils doivent le sortir de là, ou continuer la mission sans lui. Entre-temps, Gretchen part se réfugier chez sa sœur. T-Bag tente de déchiffrer son livre, mais un de ses nouveaux collègues découvre que c'est un imposteur.

Première diffusion : 29 septembre 2008

S4 E7 • La manière forte

Tandis que Lincoln, Sucre, Sara et Roland se rendent à Las Vegas pour copier la cinquième carte, Michael, Mahone et Bellick doivent s'occuper d'appréhender T-Bag. Cependant, ce dernier leur a tendu un piège. Il fait équipe désormais avec Gretchen. Pendant ce temps-là, Wyatt est chargé par le Général d'éliminer l'agent Don Self...

Première diffusion : 6 octobre 2008

S4 E8 • Pacte avec le diable

Michael ne s'inquiète toujours pas pour ses problèmes de santé. On en apprend un peu plus sur ce qui s'est passé au Panama entre Sara et Gretchen. Toute l'équipe essaye d'obtenir la dernière carte. Roland trahit l'équipe en prévenant Wyatt de l'opération et en proposant de lui donner les deux frères contre une grosse somme d'argent. L'intervention a donc mal tourné, Sara essaye de sauver Sucre qui a été touché par balle. Wyatt arrive à l'entrepôt, Roland se fait prendre à son propre jeu. Il est gravement blessé. Les autres arrivent derrière Wyatt. Mahone en profite pour régler ses comptes mais est retenu par Lincoln. Sara promet de venger celle qui lui a sauvé la vie au Panama.

Première diffusion : 20 octobre 2008

S4 E9 • Sacrifice

Michael, Lincoln, Sucre et Bellick s'introduisent par la trappe cachée dans la pièce derrière le bureau de T-Bag. Ils doivent couper l'eau et creuser dans deux parois afin d'y glisser un énorme tuyau par lequel ils pourront tous passer. La santé de Michael commence sérieusement à se détériorer... Don Self réussit avec l'aide de Sara à faire parler Wyatt, qui est enchaîné dans l’entrepôt. Mahone demande qu'on le laisse seul avec lui afin qu'il puisse assouvir sa vengeance. Pendant ce temps, la police enquête sur la disparition du collègue de T-Bag à Gate, et Gretchen va régler ses comptes avec le Général... Finalement, Bellick fait l'ultime sacrifice afin de sauver la mission, et meurt, noyé.

Première diffusion : 3 novembre 2008

S4 E10 • En terrain miné

L'état de Michael force Sara à l'emmener à l'hôpital. Sucre et Lincoln se retrouvent quant à eux dans une situation délicate ; Sucre a mis le pied sur une mine qui risque d'exploser s'il bouge. Mahone est allé rencontrer David Becker, le concepteur du système de sécurité qui entoure Scylla. Cependant, des hommes du Cartel viennent le chercher aussi. Mahone, en essayant de s'enfuir, tombe sur la femme de Becker qui lui remet les significations des symboles que Scofield tente de déchiffrer. Gretchen prouve qu'elle est de la partie en essayant de sauver Sucre mais Mahone arrive à temps et désactive la mine. Bellick reçoit un grand hommage et son corps est envoyé à sa mère. La réceptionniste de la société Gate est en fait un agent de la Sécurité Intérieur, qui travaille avec Don Self. Enfin, Sara reçoit les résultats des examens neurologiques de Michael. Ce dernier a une tumeur au cerveau, et doit se faire opérer d'urgence, faute de quoi, il pourrait mourir.

Première diffusion : 10 novembre 2008

S4 E11 • L'armée du silence

En dépit de la très mauvaise santé de Michael, l’opération d'infiltration du Cartel est lancée. Pour récupérer Scylla, l'équipe doit franchir deux murs, un en béton, l'autre en verre, sans toucher le sol, sans activer le détecteur de chaleur, et tout ça, en silence. Gretchen tente en vain de dérober la dernière carte au Général. T-Bag doute sérieusement de la fiabilité de son assistante à Gate et lui tend un piège avec l'aide de Gretchen. En sous-sol, l’équipe effectue un travail de longue haleine pour atteindre Scylla...

Première diffusion : 17 novembre 2008

S4 E12 • Self-contrôle

Le Général Krantz descend au sous-sol avec des renforts et retrouve Michael. Soudain, Lincoln, Mahone et Sucre les encerclent et le Général n'a plus d'autres choix que de se rendre et de leur remettre sa carte. Il est stupéfait que Michael ait réussi à s'approprier les cinq autres cartes et à s'introduire jusque dans la pièce secrète. Michael utilise alors les six cartes afin d'ouvrir le boîtier où se trouve Scylla, sous l'air médusé du Général. L'équipe, ensuite, le prend en otage et remontent tous dans son bureau. Pendant ce temps, Sara réussit à s'enfermer seule avec Lisa, la fille du Général, dans les toilettes d'un restaurant et pointe une arme sur elle. Le Général, tente en vain de corrompre Michael et les autres, jusqu'à ce qu'il reçoit un coup de fil de sa fille, lui demandant de les laisser partir, sinon Sara la tuerait. Michael, Lincoln, Mahone et Sucre réussissent à s'échapper du quartier général du Cartel à bord d'un fourgon blindé. Les hommes du Général tentent de les suivre, mais Michael réussit à les semer dans un terminal d'aéroport. Gretchen et T-Bag, prennent les employés de Gate en otage après que Mr White les a surpris avec une mitraillette sous le bureau. Trishanne, la collègue de Don Self, après qu'ils ont tué Feng et ses hommes, rejoint Gate et libère les otages ; Gretchen s'enfuit, mais T-Bag est capturé. Michael et les autres remettent Scylla à Don Self. Ce dernier leur promet de respecter sa part du marché et leur donne les documents de leur liberté. Cependant, lorsque Michael l'appelle, il tombe sur un numéro de téléphone non attribué, et l'enveloppe qu'il leur a donné contenait des pages vides. Don Self, qui a rejoint Trishanne et T-Bag, tue sa collègue.

Première diffusion : 24 novembre 2008

S4 E13 • Le mieux est de fuir

Toute l'équipe comprend que Don les a trahis. Il réussit à se faire passer pour mort et s'associe avec T-Bag pour faire du chantage à Gretchen afin de trouver un acheteur à Scylla. La Sécurité Intérieure recherche Michael et les autres, qui se sont enfuis, accusés du meurtre de Don Self et de l'agent Myriam (Trishanne), et du vol de Scylla. Le Général Krantz mobilise toutes ses ressources et envoie quelqu'un infiltrer la Sécurité Intérieure. Comprenant enfin les agissements de Self, son supérieur, Herb Stanton, ainsi que le Sénateur Dallow, veulent passer un marché avec Scofield et les autres ; ils doivent tous témoigner contre Self en échange de leur liberté. Michael, prenant des précautions, se livre tout seul avec Lincoln, mais Stanton veut soudain étouffer toute l'affaire. En voulant tuer les deux frères, il est abattu par l'agent envoyé par le Général, mais ce dernier est neutralisé par Sucre qui les rejoint avec Sara. Le Sénateur Dallow s'en va en leur disant que tout est terminé maintenant. Don Self, sur le point de vendre Scylla, réalise que l'objet est incomplet ; Scofield en avait retiré une partie avant de le lui donner. Il lui dit de venir la chercher...

Première diffusion : 1 décembre 2008

S4 E14 • L'offre et la demande

Don Self et Gretchen arrivent à l'entrepôt pour récupérer la pièce manquante. Don leur balance des fumigènes pour contraindre Michael et les autres à sortir, mais il est tout de suite neutralisé par Lincoln, qui patrouillait dehors. Gretchen arrive à son tour et s'en va avec Don, celui-ci laisse derrière lui des émetteur d'ultrasons afin de voir où Michael cache la pièce manquante. T-Bag retient la sœur et la fille de Gretchen en otage, mais un inconnu qui prétend être vendeur de bibles se joint à eux. T-Bag, pensant que c'est un agent du Cartel, l'assomme et le ligote. Pendant ce temps, Mahone va rechercher de l'aide auprès de ses anciens collègues, l'Agent Lang et Wheeler. Michael retrouve la trace de Don et Gretchen, grâce à Sucre qui s'est caché dans le coffre de leur voiture. Il arrive à récupérer Scylla de la main de Don, mais perd tout de suite conscience et s'évanouit, son visage tout en sang. Don reprend Scylla et s'enfuit avec Gretchen, après l'arrivée des hommes du Général, qui embarquent Michael à bord de leur véhicule. La sœur de Gretchen arrive à convaincre T-Bag d'épargner le vendeur de bibles. Il lui dit de partir avec sa nièce, et décide de libérer l'homme. Mais ce dernier s'avère bel et bien être un agent du Cartel... Mahone, n'ayant plus rien à offrir à Wheeler, est embarqué à bord d'une voiture fédérale. Enfin, Lincoln arrive au QG du Cartel et demande à voir son frère. Le Général lui annonce que Michael va se faire opérer par les chirurgiens du Cartel, en échange du retour de Scylla.

Première diffusion : 8 décembre 2008

S4 E15 • Les apparences sont trompeuses

Michael se fait opérer pour sa tumeur dans les locaux du Cartel, Sara reste avec lui durant toute l'opération. Il commence à avoir des hallucinations ; son subconscient lui émet des flashs de son passé, notamment de Fox River. Il rencontre D.B. Cooper, ce dernier lui informe qu'il n'est pas mort mais qu'il doit absolument trouver la solution, et vite. Pendant ce temps, Mahone, toujours dans la voiture de Wheeler, demande à aller aux toilettes, et profite de cette occasion pour prendre une barre de fer. En retournant dans la voiture, Mahone casse la vitre et s'échappe mais Lang le rattrape, et en fin de compte, elle préfère le laisser s'enfuir. Michael apprend que Scylla n'est pas le livre noir de la compagnie mais la carte maîtresse contenant des technologies avancées sur l'énergie solaire. Lincoln et Sucre traquent Don et Gretchen, grâce aux informations que Lincoln a soutiré de Bagwell. Lors de l'échange de Scylla. ils font leur apparition dans un entrepôt et Self se fait tirer dessus par l'acheteur, qui s'enfuit avec Scylla. Self et Gretchen sont capturés et emmenés dans le QG du Cartel. Le Général ordonne à Lincoln de faire équipe avec eux pour récupérer Scylla. Sucre, sachant que la santé de Michael va mieux, s'en va. Lincoln apprend à Michael qu'il avait conclu un marché avec le Cartel pour retrouver Scylla en échange de l'opération ; Michael désapprouve. Lincoln l'informe, grâce au document que lui avait remis le Général, que leur mère travaillait aussi pour le Cartel.

Première diffusion : 15 décembre 2008

S4 E16 • Mésalliance

Alors que Lincoln et ses nouveaux collègues (T-bag, Don Self et Gretchen) sont à la poursuite du détenteur de Scylla à Miami, Michael est emmené dans une maison lointaine du Cartel où il subit une sorte de restructuration de la personnalité par un psychiatre engagé par le Général. Celui-ci voulant amener Michael à travailler pour le Cartel. Lors d'une conversation où le psychiatre tente de convaincre Michael, il l'informe que sa mère est toujours en vie. Pendant ce temps, Sara est en attente des nouvelles de Michael dans un hôtel de luxe, et elle ne s'y plaît pas. Elle reçoit un sms lui donnant rendez-vous dans l'heure. Arrivant sur place, elle se fait kidnapper par des hommes en cagoules qui l’emmènent dans une voiture où elle retrouve Lisa, la fille du Général. Cette dernière lui donne l'adresse où se trouve Michael. L'arrivée subite de Mahone arrange Lincoln, qui était sur le point de perdre le contrôle de l'équipe. Gretchen trouve l'identité de l'acheteur qui leur a volé Scylla et le rencontre sur un terrasse d'un café. Elle lui propose de lui livrer Lincoln et les autres en échange d'une grosse somme d'argent. Elle annonce ensuite au groupe qu'elle a trouvé où se cache le détenteur de Scylla, et les amène dans un parking où ils se font piéger. Mais Gretchen change d'avis in extremis et tue les hommes de Scott. Celui-ci lui tire dessus avant d'être tué par Mahone. Gretchen est gravement blessée, et laissée sur place par Lincoln qui a hésité à la tuer. La mystérieuse femme qui détient Scylla s'avère être la mère des deux frères, Christina Rose. En voulant contacter son homme de main, Christina tombe sur son propre fils, Lincoln, qui s'est emparé du téléphone. Christina ne répond pas, et Lincoln jure de la tuer.

Première diffusion : 22 décembre 2008

S4 E17 • Les liens du sang

Michael s'échappe avec Sara de la résidence du Cartel en direction de Miami afin de convaincre Lincoln de laisser tomber le contrat passé avec le Général. Il lui annonce au téléphone que leur mère est toujours vivante. De leur côté, Lincoln et son équipe trouvent des indices sur une clé qu'ils ont prise à Scott, l'homme de main de Christina. Ils se séparent en deux groupes ; Lincoln et Mahone vont dans une résidence, T-Bag et Don, dans une église. Lincoln trouve une ancienne photo de lui avec sa mère, enceinte de Michael. Il réussit à déchiffrer un indice laissé dans la photo, un rendez-vous que sa mère lui donne à Miami. T-Bag rencontre une résistance dans l'église ; le gérant ne le laisse pas entrer, et repart. Lincoln part, seul, rencontrer sa mère. Celle-ci l'informe de ses plans pour neutraliser le Général. Ce dernier a failli mourir lors d'une explosion de voiture mise en œuvre par Griffin Oren, un des collaborateurs du Général, mais qui travaille en fait pour Christina. Ayant échoué, Oren est exécuté par son chauffeur, sur ordre de Christina. Mahone, T-Bag et Don se rendent à l'église encore une fois, et forcent le gérant à les laisser entrer. Ils y trouvent une caisse remplie d'armes semi-automatiques et des badges de sécurité. Michael et Sara sont poursuis par un agent du Cartel. Michael parvient à le neutraliser, et découvre un message codé dans son porte-feuille. Mais l'agent les informe, avant de mourir, qu'il ne travaille pas pour le Général. Enfin, Lincoln se rend encore sur le lieu où il a rencontré sa mère, cependant, un sniper l'a dans son angle de tir...

Première diffusion : 17 avril 2009

S4 E18 • Les frères ennemis

Le sniper de Christina est découvert par Don Self ; Mahone le poursuit, mais il est percuté par une voiture qui le tue immédiatement. Lincoln récupère son portable afin de demander aux analystes du Cartel de faire des recherches sur la dernière personne qui l'a appelée. Ils reçoivent une piste qui les amène à Christina et son homme de main dans l'ambassade de l'Inde. Ils demandent à T-Bag de faire diversion pendant qu'ils y entrent par effraction. Ils se font tout de suite capturés par les gardes du corps de Christina, mais ces derniers, ne pouvant pas les tuer dans une ambassade, les enferment dans une pièce, pendant que Christina négocie un marché à propose de Scylla avec un diplomate indien. Quand ils sortent, Lincoln, Mahone et Don découvrent un mémo laissé par Christina sur l'arrivée imminente d'un certain Sandinsky. Pendant ce temps, Michael et Sara tentent de déchiffrer le message récupéré du porte-feuille de l'homme qui les a poursuivis. Ce message révèle l'heure et le lieu de l'arrivée de Vincent Sandinsky. Ils se rendent à un aérodrome où Michael détourne l'avion à bord duquel se trouve Sandinsky en menaçant un opérateur de la tour de contrôle. Michael et Sara l'interceptent, mais sont immédiatement poursuivis par des hommes de Christina. Lincoln, Mahone et Don arrivent in extremis et les tuent. Ils reprennent Sandinsky après une confrontation peu amicale entre Michael et Lincoln. Lors de l'interrogatoire, Sandinsky affirme ne rien connaître du tout de Christina Scofield, ni du Cartel, ni de Scylla. Cependant, Michael et Sara découvrent dans son téléphone qu'il a eu plusieurs conversations avec Christina.

Première diffusion : 24 avril 2009

S4 E19 • Fils de...

En apprenant que Christina détient Scylla, le Général Krantz s’envole pour Miami et rompt ses engagements avec l’équipe de Lincoln car le temps est compté. T-Bag trahit l'équipe et rejoint le Général. Michael tend un piège à sa mère, et l'enlève. Quand elle se réveille dans l'appartement où il est planqué avec Sara, elle se retrouve face à face avec lui. Il essaie tant bien que mal de lui faire dire où se trouve Scylla, mais il se trouve que Christina arrive à le manipuler psychologiquement. Elle devine que Sara est enceinte, et révèle à Michael que Lincoln n'est pas son frère, mais qu'il a été adopté. Elle laisse aussi entendre qu'il cours en ce moment à sa perte, ce qui rend Michael fou de rage au point qu'il essaie de la tuer, mais Christina lui dit enfin où se trouvera son "frère". Michael s'en va retrouver Lincoln et laisse Sara la surveiller, cependant, Christina arrive quand même à s'échapper en hésitant à tuer Sara ; elle espère voir son petit-fils un jour. Lincoln, Mahone et Don poursuivent l'homme de main de Christina qui détient Scylla dans sa mallette jusqu'à l'hôtel où se tient une conférence sur les énergies alternatives, et où Naveen Banarjee, le fils du premier ministre indien, à qui Christina compte vendre Scylla, va prendre la parole. Michael rejoint finalement Lincoln, cependant, ils se font piégés ; Christina avait tout prévu, un homme tire d'un balcon sur Naveen Banerjee et laisse une balle sur le sol avec les empreintes de Lincoln.

Première diffusion : 1 mai 2009

S4 E20 • L'Effet domino

L'hôtel où a eu lieu l'assassinat de Naveen Banerjee est cerné par les forces de police, Michael et Lincoln sont coincés à l'intérieur. Don Self essaie de les aider mais il est repéré par un autre agent de la Sécurité Intérieure. Michael réussit à duper la police, en faisant exploser un petit frigo qu'il remplit de produits inflammables. Le souffle de l'explosion étourdit deux policiers, ce qui lui permet avec Lincoln de prendre leur uniformes et de filer. Mais ils sont tout de suite rejoints par l'homme de main du Général qui les conduit à lui. Christina est sur le point de mettre à bien son plan. Elle réussit à vendre Scylla au premier ministre indien, et en tirer une énorme somme d'argent, mais veut aussi remplir un marché avec la Chine. Le Général est furieux de la tournure qu'ont pris les événements, et décide d'exécuter la femme de Don Self. Celui-ci, étant sur le point de se faire tuer aussi, s'enfuit et saute du haut du balcon. Plus tard, il sort du fleuve avec le mollet cassé, incapable de bouger. Michael devine le plan de Christina, et se rend avec Lincoln et Mahone à la banque fédérale de Miami afin de lui voler Scylla. Christina était en train de retirer une somme de son compte à l'étranger, pour s'assurer du virement de son argent. Ils mettent tous les trois des cagoules, et se font passer pour des braqueurs. En sortant, ils sont pris dans des coups de feu des hommes de Christina. Lincoln leur demande de s'enfuir, et reste pour les couvrir. Michael reçoit ensuite un appel du Général, ce dernier avait envoyé T-Bag prendre Sara en otage afin d'avoir une monnaie d'échange. Il lui ordonne de lui apporter Scylla, ou Sara mourra. Tout de suite après, Christina l'appelle aussi. Elle détient Lincoln, et lui colle une balle dans le thorax. Michael n'a plus de temps devant lui ; il doit choisir entre sauver la femme qu'il aime, ou son frère qui perd son sang.

Première diffusion : 8 mai 2009

S4 E21 • Le choix de Michael

Michael doit choisir une fois pour toutes entre sauver son frère, Lincoln, qui est retenu prisonnier par sa propre mère, et sa bien-aimée, Sara, qui s'est fait enlever par T-bag sous ordre du général. Sucre retrouve un ancien ami : il s'agit de C-note, qui dit avoir rencontré un membre du gouvernement qui pourrait aider Michael et Lincoln. Christina révèle à Lincoln que Michael n'est pas son frère et que Sara est enceinte. Don Self est interrogé à l'hôpital par deux agents du FBI. Le temps presse, et Michael doit faire son choix vite, car Lincoln se vide de son sang, et le général menace de livrer Sara aux pulsions démentes de T-bag si Scylla ne lui est pas livrée au plus vite... Michael appelle le général en lui disant qu'il lui amènera Scylla. Ce dernier lui promet que Sara sera au lieu d'échange. T-bag s'apprête donc à la libérer à contre-cœur, mais Krantz revient sur sa parole, et dit que la seule chose qu'il donnera à Michael Scofield est "une mort lente". Il laisse donc quartier libre à T-bag sur Sara. Mahone craint pour la vie de sa femme si les choses tournent mal. Il appelle Christina et lui dit qu'il pourrait lui donner Scylla si elle arrive à neutraliser l'homme qui surveille sa femme. Christina accepte le marché et lui promet de lui remettre même Lincoln s'il sera toujours en vie. Michael pose une petite mallette sur le lieu d'échange et repart. A son arrivée, le Général découvre que la mallette est vide ; il comprend que Michael s'est joué de lui. Pendant ce temps, Michael arrive en bas de l'immeuble où se trouvent Sara et T-Bag, et grimpe la façade étage par étage à l'aide d'une corde. T-Bag était en train de "s'amuser" avec Sara jusqu'à ce que Michael l'assomme par derrière. Mahone arrive à l'endroit où se trouve Christina, et lui remet une mallette contenant une fausse réplique de Scylla. En effet, Michael et lui avaient prévu de faire une pierre deux coups ; Michael devait sauver Sara, et Mahone, sa femme et Lincoln. L'appareil qui se trouve dans la mallette remise à Christina est en fait une bombe artisanale...

Première diffusion : 15 mai 2009

S4 E22 • Vers la liberté

Mahone réussit à sauver Lincoln, après que l'appareil qu'il a remis à Christina explose, la projetant elle et son homme de main, Downey, sur le sol. Downey est mort sur le coup, mais Christina survit. Le Général Krantz est furieux que T-Bag s'est laissé neutralisé par Scofield, et est sur le point de l'exécuter quand le portable de Sara sonne ; c'est Sucre qui l'appelle. T-Bag lui fait croire qu'il est du même côté que Scofield et lui donne rendez-vous dans un parc. T-Bag rencontre Sucre et lui dit qu'il n'est pas venu seul ; un agent du Cartel est derrière lui. Il lui ordonne de coopérer, mais Sucre n'est pas venu seul non plus ; C-Note neutralise l'agent, et tous les deux embarquent T-Bag avec eux. Don Self est dans un état critique après que Downey lui avait administré un produit dans le sang. Il perd peu à peu ses capacités mentales, et ne peut plus parler. Michael, Lincoln, Sara et Mahone se demandent ce qu'ils doivent faire avec Scylla ; Michael leur suggère de le détruire une bonne fois pour toutes. Soudain, il reçoit un appel d'une vieille connaissance ; Paul Kellerman. Ce dernier est devenu un membre du gouvernement ; c'est en réalité le contact de C-Note, et leur demande de lui livrer Scylla afin qu'il le remet aux Nations Unies, en échange de leur liberté. L'état de Lincoln empire, et il est immédiatement emmené à l'hôpital. Sara et Mahone y entrent afin de prendre ce dont ils ont besoin pour soigner Lincoln, mais en sortant, Mahone est arrêté par le FBI, les mêmes agents qui interrogeaient Don Self. Michael, Lincoln et Sara étaient sur le point de partir quand les hommes du Général Krantz arrivent et les emmènent à l'appartement. Le Général leur ordonne de lui donner Scylla ou il fera exécuter Sofia, la copine de Lincoln. Cependant, Sucre et C-Note arrivent in extremis et tuent les hommes du Général. Ce dernier a perdu, et est menotté par Sucre. La police arrive suite aux coups de feu entendus, et Sucre fait diversion afin de permettre aux autres de s'enfuir, mais il est arrêté. Dans la planque où Michael a caché Scylla, ce dernier était sur le point d'appeler Kellerman, quand Christina et ses hommes arrivent. Christina s'empare de Scylla, mais Michael sort de sa cachette et pointe son arme vers elle. Christina, ne voulant pas lâcher Scylla, oblige Michael à presser la détente, mais son arme s'enraye, et c'est elle qui le vise maintenant. Sara arrive par derrière et tire sur Christina, celle-ci tire aussi ; Michael est touché à l'épaule et Christina meure. Michael part remettre Scylla à Paul Kellerman. Un membre de l'ONU était sur place pour vérifier le contenu. Le Général Krantz réussit à enlever ses menottes, mais la police arrive sur place et l'arrête. Toute l'équipe est disculpée en présence de Kellerman, et T-Bag est renvoyé en prison. Plus tard, Michael et Sara se promène sur une plage et parlent de leur avenir, mais Michael commence à saigner du nez ; c'était la première fois après l'opération qu'il a subi par le Cartel. 4 ans plus tard, Mahone est avec Felicia Lang, il envoie une lettre d'anniversaire à Pam. Il dit à Felicia qu'il reviendra très vite, il a un avion à prendre. Sucre dit à sa fille qu'il reviendra dans deux jours aussi. Lincoln et Sofia ont ouvert une boutique de surf sur une plage, Lincoln lui dit au revoir et part aussi. Sara et son fils sont chez un tatoueur, dans un pays sud-américain. T-Bag est enfermé à Fox River et le Général Krantz se retrouve sur la chaise électrique. Toute l'équipe se retrouve peu après dans un cimetière, et vont vers la tombe de Michael. Ce dernier est décédé.

Première diffusion : 15 mai 2009