Attention : spoils.
Ce film est à la fois une plaidoirie pour le droit à la différence, une histoire d'amour singulière, un conte fantastique et une fable poétique.
Élisa (Sally Hawkins), muette (mais pas sourde !) vit dans un vieil appartement et partage son palier avec Giles (Richard Jenkins), un vieil homosexuel. Elle porte de chaque côté du cou trois grandes griffes qu'elle dissimule la plupart du temps sous ses cheveux. Tous deux s'entendent très bien et ont adopté un rythme de vie immuable.
Chaque nuit, Élisa part travailler dans un laboratoire gouvernemental où elle est chargée, en compagnie de son amie Zelda (Octavia Spencer) de faire le ménage.
Un jour, arrive, en provenance d'Amérique du Sud, un étrange amphibien, sévèrement gardé par l'inquiétant colonel Richard, qui n'a qu'une hâte : se débarrasser de cette forme qui vient de l'eau.
Il parvient à convaincre le général responsable de l'opération d'opérer une vivisection sur l'étrange animal. Élisa, pendant ce temps s'est prise d'affection pour la forme et décide d'organiser son évasion.
Élisa, grâce à la coopération de son ami Giles et d'un médecin espion russe réussit à délivrer l'amphibien pour le cacher la baignoire de son appartement.
Finalement, la santé de ce dernier déclinant, ils l'emmènent vers un canal où il pourra rejoindre la mer. Au moment de le relâcher, ils sont rattrapés par le colonel Richard qui tire sur la forme de l'eau et sur Élisa, qu'il tue. Giles arrive à ce moment et assomme le général pendant que l'amphibien récupère rapidement de ses blessures. Il s'approche alors du général qui s'était relevé entre-temps et le tue d'un coup de griffe. Puis, il prend Élisa, dans ses bras et saute dans l'eau. Ses griffures se transforment alors en ouïes et elle peut respirer sous l'eau, comme son compagnon.
Finalement, ce sont les quatre "différents" qui viennent à bout du général dévoré par l'ambition : Élisa, la muette aux griffes, Giles, le vieil homosexuel, Zelda, la femme de ménage noire et bien sûr, la forme de l'eau.
Le film baigne dans une atmosphère verte : vêtements, bus, tickets de pointage... qui évoque la couleur de la mer. Quand Élisa tombe amoureuse, elle troque le bandeau vert qui retient ses cheveux pour un bandeau rouge.
Par ailleurs le film foisonne de petits détails sur toutes les formes de discrimination : racisme, homophobie etc. et sur le caractère "poisson" d'Élisa (muette mais pas sourde, son métier fait qu'elle est en contact permanent avec l'eau, elle se donne du plaisir dans sa baignoire et mange des œufs).
Un chef d'œuvre de poésie et d'humanité.