Au XVIIIème siècle, le père Gabriel (M. Jeremy Irons) souhaite évangéliser le territoire des Indiens Guarani, tandis que Mendoza, mercenaire sans foi ni loi, sévit en voulant faire entendre son autorité (M. Robert de Niro). Les deux hommes finissent par s’unir contre les dominations espagnole et portugaise, pour une autonomie locale et le respect des indigènes. Cet objectif à contre-courant se termine dramatiquement.
Beau et sombre, avec quelques longueurs, ce film plaide pour la dignité humaine, la reconnaissance pleine et entière des être différents, et fait écho à la Controverse de Valladolid.