Née d'une mère renversée pendant sa grossesse par un éléphant, John Merrick est aux yeux des autres Elephant Man, bête de foire et objet de dégoût. Repéré par un médecin pour ses particularités physionomiques, il échappe à son maître de cirque qui le maltraite et trouve refuge dans une salle isolée de l'hôpital.
Tenu pour un être dépourvu d'intelligence, même par la communauté de médecins, John va démontrer qu'il est lui aussi un être pétri de culture.
Lynch propose une histoire de l'ordre du conte fantastique, avec un personnage principal presque irréel et d'autres personnages, alliés ou adversaires. Bien qu'en noir et blanc, le film démontre que la vie est loin d'être une question en noir et blanc, mais une palette complexe de nuances de gris. De bête de foire auprès des spectateurs de cirque, John devient la bête de foire de l'intelligentsia bourgeoise qui donnerait cher pour être vue avec lui.
Elephant Man comporte des longueurs, certes, mais qui collent avec le lent processus d'acceptation de l'altérité et de la déconstruction des apparences.