1964, l’Amérique subit une crise identitaire sans précédent. Deux cents ans après la guerre de Sécession, Alan Parker («The Wall», «Birdy») ravive avec « Mississippi burning», le spectre de la ségrégation. L’état du Mississippi est en proie à un racisme des plus terrifiants. La communauté afro-américaine vit dans la terreur. Leurs églises sont incendiées, certains paroissiens sont roués de coups, les symboles religieux sont immolés, l’ombre du Klu-Klux-Klan refait surface. C’est dans ce contexte quasi-insurrectionnel que disparaissent trois jeunes militants des droits civiques. Cette étrange affaire prendra des proportions nationales quand deux agents du F.B.I viendront prêter main forte à la police locale pas très coopérative. Dès lors, Alan Parker n’aura de cesse de nous faire connaître la vérité à travers les deux personnages principaux, l’agent du F.B.I Rupert Anderson (Gene Hackman) et l’agent Alan Ward (Willem Dafoe). Les deux hommes que tout oppose, d’un côté l’ancien flic désabusé aux méthodes exécutives et de l’autre, le jeune flic idéaliste vont devoir s’allier pour que justice soit faite. Où sont les jeunes des droits civiques ? Ont-ils été assassinés ? Ward et Anderson se heurtent à un mur de silence, pire, une omerta organisée dans une région rurale traditionaliste où l’étranger quel qu’il soit n’est pas le bienvenu. Des renforts du F.B.I transformeront la petite ville de Jessup Country Mississippi en véritable poudrière idéologique, mais la fin justifie les moyens. Construit autours d’un authentique fait divers, le cinéaste britannique dresse le portrait d’une Amérique à deux visages : celui du nord, riche et citadin où souffle un vent de liberté dans cette folle décennie des années 60, en totale contradiction avec celui du sud, rural et pauvre tourné vers le passé, le visage d’une Amérique en guerre contre elle-même !