S3 E1 • Mission suicide

Sur New Caprica, la résistance s'est bien organisée avec comme chef de troupe Tyrol, Anders et Tigh. Alors qu'ils tentent d'affaiblir l'ennemi avec lequel Baltar collabore, Kara découvre qu'elle est prisonnière de Leoben dans une imitation de vie à deux. Sur le Galactica, Adama pense à une façon de libérer New Caprica.

S3 E2 • La grande rafle

Adama cherche à prendre contact avec la résistance sur New caprica pour se mettre d'accord sur un date d'extraction. Dans les rangs de la résistance, certains sont contre les méthodes utilisées par Tigh qui consistent à faire exploser un résistant pour faire le plus de morts possibles parmi les Cylons. Leoben présente une enfant à Kara qu'il dit être sa fille. Sur le Pegasus, Lee, empâté a perdu tout intérêt pour le combat.

S3 E3 • Exode (1)

Sharon a atteri sur New caprica et aide la résistance à combattre les Cylons. Sur le Galactica, Adama dirige l'assaut de ses troupes au sol. Tyrol tente de sauver Cally dont le nom se retrouve sur une liste de futurs fusillés à l'instar de Roslin et Zarek, une liste signée par Baltar. Anders découvre que certains humains collaborent en secret. D'Anna rencontre un oracle après un rêve à propos d'un temple.

S3 E4 • Exode (2)

Ça y est, l'heure de la libération a sonné! Le Battlestar s'apprête à faire un bon PRL tout près de New Caprica pour permettre à la résistance d'organiser le départ des troupes coloniales. Lee, toujours aux commandes du Pégasus, doit partir avec le reste de la flotte à la recherche de la Terre. Tigh comprend que sa femme a vendu des informations aux Cylons pour libérer son mari. Anders sauve Kara mais celle-ci refuse de partir sans sa fille.

Première diffusion : 20 octobre 2006

S3 E5 • Le cercle

Lee constate que plusieurs personnes disparaissent dans la flotte. Des disparitions que l'on doit à un conseil de 5 personnes désignées pour juger les collaborateurs dans un tribunal exceptionnel. Parmi eux, Tigh, Anders, Tyrol et même Kara. Après avoir jugé les collaborateurs sans avocats, ils les condamnent à mort. Felix Gaeta a beaucoup de mal à se réintégrer à l'équipage. Baltar se retrouve sur un vaisseau Cylon en compagnie de Six et D'anna.

Première diffusion : 27 octobre 2006

S3 E6 • La tête de lion (1)

L'ambiance est lourde sur le Galactica, les personnes présentent sur New Caprica (Tigh et Kara en tête) dénigrent le sauvetage des pilotes restés sur le Galactica. Pour eux ils n'ont rien fait d'exceptionnel et n'ont pas vécu l'enfer de New Caprica. Les cylons veulent trouver la Terre et demande à Gaius de les aider. Celui-ci s'exécute mais le vaisseau envoyé au point indiqué par Baltar ne répond plus. Baltar découvre que le vaisseau en question contient des Cylons malades qui se meurent.

Première diffusion : 3 novembre 2006

S3 E7 • La balise (2)

Le Galactica envoit des troupes de reconnaissance dans le vaisseau mère cylon découvert. Athéna et Apollo commandent l'expédition. Ils découvrent à l'intérieur du vaisseau, des cylons morts et certains très mal en point. On décide d'en ramener plusieurs sur le Galactica pour savoir quelle maladie ils ont contracté et si les soldats de l'expédition sont infectés. A terme, ils espère pouvoir utiliser ce virus contre les Cylons. Numéro 6 et D'Anna savent que Gaius a menti sur les origines de l'épidémie et le croient responsable de cette épidémie.

Première diffusion : 10 novembre 2006

S3 E8 • Héros

Le passé se rappelle à Adama quand un ancien ami pilote que l'on pensait disparu depuis bien avant la guerre refait son apparition et demande l'assistance du Galactica. Alors que Kara semble être rentré dans le rang, Saul boit de plus en plus. Roslin décide de décerner une médaille du mérite à Adama.

Première diffusion : 17 novembre 2006

S3 E9 • Le grand combat

Adama organise un tournoi de boxe sur le Galactica pour défouler ses troupes. C'est l'occasion pour chacun de revenir sur le passé : Tyrol affronte Adama et se rappelle que l'amiral l'a laissé s'installer avec Cally sur New Caprica, Adama se souvient d'une nuit passée à discuter avec Laura de leur possible futur. Kara affronte Lee et l'on découvre enfin le pourquoi de leur brouille avant l'occupation de New Caprica par les Cylons. Saul se rappelle des temps heureux avec Ellen, sa femme.

Première diffusion : 1 décembre 2006

S3 E10 • Le passage

La flotte doit faire face à un problème de taille : la nourriture est contaminée et ils doivent trouver une nouvelle source d'alimentation. Kat replonge dans son passé douloureux, ce qui a un effet désastreux sur son boulot de pilote.

Première diffusion : 8 décembre 2006

S3 E11 • L'oeil de Jupiter (1)

Tyrol découvre un temple sur une planète qui pourrait bien renfermer l'Oeil de Jupiter qui selon la mythologique a été laissé là pour conduire les voyageurs vers la Terre. Athéna apprend que Héra est sans doute en vie alors que les Cylons cherchent aussi à s'emparer du temple. Un bras de fer s'engage entre les deux camps alors que Tyrol essaie de trouver une réponse sur le site. Kara et Lee entretiennent une liaison qui se complique quand celle-ci refuse de divorcer.

Première diffusion : 15 décembre 2006

S3 E12 • Extase (2)

Kara s'est écrasée sur la planète et il n'y a que Dualla qui puisse lui venir en aide alors que Sam et Lee défendent le temple contre les cylons. Athéna demande à Helo de la tuer pour pouvoir se projeter sur le vaisseau cylon et récupérer Héra. Elle trouve une alliée en Six. Dans le temple, D'anna fait une expérience spirituelle qui lui montre le visage des Cinq Derniers Cylons.

Première diffusion : 21 janvier 2007

S3 E13 • L'interrogatoire

Prisonnier sur le Galactica, Baltar doit rendre des comptes. Il est torturé et reçoit l'aide de Head Six pour le soulager. Il commence à penser à se suicider. Lee ne sait que faire de sa relation avec Kara et encore moins de son mariage. Il fréquente un bar sur le Galactica et trouve en Tyrol qui a des problème avec Cally, un allié et une oreille attentive.

Première diffusion : 28 janvier 2007

S3 E14 • Les sagitarrons

Les Sagittarons de Dogville entassés dans les cales du Galactica se plaignent auprès d'Helo que le médecin responsable, le Dr Roberts essaie de les décimer. Helo commence à enquêter et découvre bientôt que les accusations ne semblent pas infondées. Pourtant Athéna décide de faire vacciner Héra qui est malade.

Première diffusion : 11 février 2007

S3 E15 • Un jour particulier

Adama est perturbé par l'anniversaire de la mort de sa femme. Son fantôme le suit et l'habite dans tous ce qu'il fait. Ce faisant, il se remémore le passé avec Lee et se rapproche de Laura. Cally et Tyrol font face à une crise dans leur couple qui se traduit dans les faits lorsqu'ils se retrouvent enfermés dans l'un des hangars à Viper. Le seul moyen de les en sortir est de les balancer dans l'espace un très court moment. Athéna doit les récupérer avec un raptor.

Première diffusion : 18 février 2007

S3 E16 • Grève générale

Il y a de la grogne dans l'air sur le Galactica entre les différentes castes de travailleurs qui constituent la flotte. Un peu malgré lui, Tyrol se retrouve porte parole syndical des ouvriers comme il l'était sur New Caprica. Alors que les ouvriers refusent de reprendre le travail, Adama emprisonne Tyrol. Celui-ci demande conseille à Baltar qui, du fond de sa cellule, a rédigé un livre qui met le feu aux poudres.

Première diffusion : 25 février 2007

S3 E17 • Ouragan

Kara fait des rêves sur Leoben, son enfance et sa relation avec sa mère. Elle dort peu et mal et son comportement finit par inquiéter Lee et Adama. les choses prennent une tournure tragique quand elle prend en chasse un Raider Cylon qu'elle est la seule à voir.

S3 E18 • L'affrontement

Lee et Adama n'arrivent pas à se remettre du décès soudain de Kara. Très fragilisé, Lee a ordre de protéger le nouvel avocat de Baltar, un homme étrange qui manipule le pilote et parvient presque à le rallier à la cause de Baltar. Des attentats ont lieu sur le Galactica à l'approche du procès. Le nouvel avocat demande à voir certains dossiers...

S3 E19 • Croisements (1)

Le procès de Baltar commence avec Lee en second avocat et l'amiral dans le camp des juges. L'audition des témoins commence avec Tigh qui raconte comment sa femme est morte, puis c'est au tour de la présidente. Lee comprend qu'elle reprend du chamalla ce qui met en doute son témoignage étant donné les effets que le médicament provoque. Elle pousse Lee à lui faire avouer que son cancer est de retour. Dégoutée par l'attitude de Lee, Dualla le quitte et Adama renie son fils. Lee lui rend son insigne de pilote. Tigh, Tory et Sam sont les seuls de la flotte à entendre une chanson étrange (All along the watchtower). Dans la flotte, certains semblent croire que Baltar est une divinité. Les Cylons semblent avoir repéré la flotte.

S3 E20 • Croisements (2)

Le procès de Baltar se termine avec les dépositions de Gaeta et de Lee qui parvient à faire plier le jury. Baltar est jugé non-coupable mais pas pour autant innocent pour une grande partie de la flotte. Laura, Athéna et Six découvrent qu'elles partagent le même rêve dans lequel elles cherchent toutes à sauver Héra. Sam et Tori ont une liaison au grand dam de Seelix. Tous les deux ainsi que Tigh et Tyrol entendent la même chanson. Les Cylons ont rattrapé la flotte...