S3 E1 • La vengeance de Vilgax, Partie 1

Vilgax est de retour, plus puissant que jamais et il défie Ben, à qui il manque plusieurs aliens. Dans la deuxième partie, Ben combat Vilgax.

Première diffusion : 11 septembre 2009

S3 E2 • La vengeance de Vilgax, Partie 2

Ben, Gwen et Kevin font la course pour récupérer les formes perdues de l'Omnitrix et arriver à temps à la bataille contre Vilgax. Pendant ce temps, Kevin découvre que sa nouvelle transformation a quelques avantages.

Première diffusion : 11 septembre 2009

S3 E3 • La fournaise

Ben, Gwen et Kevin découvrent que Vulkanus veut forer jusqu'au centre de la Terre.

Première diffusion : 18 septembre 2009

S3 E4 • La règle d'or

Un alien demande à Ben de localiser son meilleur ami disparu.

Première diffusion : 25 septembre 2009

S3 E5 • L'armistice

Ben et son équipe se déplace sur une planète extraterrestre pour résoudre un conflit entre ses habitants.

Première diffusion : 9 octobre 2009

S3 E6 • Les rois de la récup

Ben et Kevin tentent d'empêcher deux chasseurs de prime de rendre Fusée à son créateur et demandent au juge d'annuler sa décision.

Première diffusion : 16 octobre 2009

S3 E7 • Séparator et l'Omnitrix

Un chasseur de primes qui est après l'Omnitrix envoie Ben dans le Vide Absolu, mais la main gauche du héros reste sur Terre.

Première diffusion : 23 octobre 2009

S3 E8 • À cours d'idée

Ben et ses amis doivent arrêter un système de sécurité des Commandants Suprêmes qui s'est accidentellement mis en route.

Première diffusion : 6 novembre 2009

S3 E9 • Comme par enchantement

L'Enchanteresse est de retour et hypnotise Kevin pour l'aider à vaincre Gwen.

Première diffusion : 13 novembre 2009

S3 E10 • Ville fantôme

Vilgax demande de l'aide à Ben pour vaincre Sz'Kayr (alias Spectral) qui a conquis la planète Vilgaxia.

Première diffusion : 20 novembre 2009

S3 E11 • Le marché

Kevin fait équipe avec Darkstar pour récupérer un artéfact censé les guérir tous les deux.

Première diffusion : 4 décembre 2009

S3 E12 • La boîte infernale

Ben et son équipe se battent contre un jouet alien qui se révèle être très dangereux.

Première diffusion : 11 décembre 2009

S3 E13 • La paix mais à quel prix ?

L'Omnitrix dysfonctionne et Ben se transforme en Bingalosaure, un alien agressif et impitoyable, pendant une mission où ils doivent rétablir la paix entre deux espèces d'aliens.

Première diffusion : 8 janvier 2010

S3 E14 • Primus

Ben se voit téléporté à Primus et l'omnitrix retourne alors chez Azmuth afin de défendre Primus contre Vilgax. Mais celui-ci échoue et Vilgax récupère l'Omnitrix...

Première diffusion : 15 janvier 2010

S3 E15 • Le temps guérit les blessures

Gwen retourne dans le temps afin d'éviter le piratage de l'omnitrix et la mutation de Kevin. Mais elle ne se doute pas des faits secondaires...

Première diffusion : 22 janvier 2010

S3 E16 • Le Secret de Mégachrome

Tetrax est de retour afin de récupérer Megachrome pour la restauration de sa planète. Vilgax attaque pour récupérer la pierre d'énergie de Mégachrome...

Première diffusion : 29 janvier 2010

S3 E17 • Travail d'équipe

Ben devient fou et attaque Max. Gwen et Kevin étant en mission à l'autre bout de l'univers, Helen, Manny, Pierce et Alan vont devoir se débrouiller...

Première diffusion : 12 mars 2010

S3 E18 • Vendetta

Un alien dénommé Ragnarok sort du Vide Absolu afin d'absorber l'énergie du Soleil. Il s'avère en fait que ce criminel est l'assassin du père de Kevin et celui-ci veut se venger ...

Première diffusion : 19 mars 2010

S3 E19 • La bataille finale, Partie 1

Albedo est de retour et vole l'Ultimatrix dans le laboratoire d'Azmuth. Celui-ci le complète avec les éléments de son ancien Omnitrix et du matériel fournit par Vilgax. Tous deux font équipe pour prendre l'Omnitrix à Ben. Albedo kidanppe alors Gwen et Kevin et Vilgax demande l'Omnitrix en échange de ses amis sous peine de les tuer...

Première diffusion : 26 mars 2010

S3 E20 • La bataille finale, Partie 2

Impuissant, Ben monte à bord du vaisseau de Vilgax et l'affronte pour mettre fin à son invasion de la Terre lors de sa dernière bataille. Albedo donne à Ben l'Ultimatrix et Ben récupère ses anciens aliens et leurs formes évoluées.

Première diffusion : 26 mars 2010