S2 E1 • Un parfum de scandale

Quand un collecteur de fonds pour l'élection du Maire, qui s'avère être le mari d'une amie proche d'Erin, est retrouvé mort dans voiture, le Maire souhaite que Frank présente cela au public comme un acte de violence aveugle. Ainsi, il ne veut pas mettre en danger son nouveau poste. Parallèlement, Jamie s'infiltre dans un bar et rencontre un patron suspect.

S2 E2 • Entre deux feux

Danny se retrouve une nouvelle fois confronté aux affaires internes après avoir grièvement blessé un suspect qui s'est avéré être un flic.

S2 E3 • Flic ou voyou

Trois hommes tentent de dévaliser une banque mais leur plan tourne mal quand un des clients de la banque leur tire dessus. Deux des voleurs arrivent à fuir laissant le troisième dans la banque avec deux otages. L'affaire se complique quand Danny et Jackie, avec l'aide de Frank, découvrent que le voleur toujours dans la banque est un ancien flic nommé Jimmy Flood. Pendant ce temps, Jamie fait la connaissance de Luisa Sosa, sa nouvelle coéquipière.

S2 E4 • Innocence

Danny et Jackie enquêtent sur le meurtre de deux adolescents assassinés alors qu'ils jouaient au basket dans le parc. Pendant ce temps Erin ré-ouvre une affaire de viol vieille de 17 ans où Frank était l'inspecteur en charge de l'enquête. Jamie et Renzulli sont sous couverture pour enquêter sur une affaire de vol d'ordinateur.

S2 E5 • Une nuit en ville

Danny et Linda sont en week-end romantique quand ils sont témoins d'un accident de voiture mortel qui s'avère être un cas de fraude à l'assurance. Pendant ce temps Jamie continue sa mission d'infiltration.

S2 E6 • Noir et bleu

Frank doit faire face à une crise politique qui oppose les services de police de New York à un centre religieux afro-américain. L'affaire se complique quand Jamie et Renzulli sont agressés par les agents de sécurité de l'église lors d'une intervention.

S2 E7 • Cœurs solitaires

Jackie sert d'appât pou tenter de mettre la main sur un tueur en série qui s'attaque aux prostituées. Pendant ce temps, Erin se rend dans une galerie d'art avec Nicky quand elle rencontre Krystal Jacob, un évaluateur d'arts mystérieux.

S2 E8 • Thanksgiving

Les Reagan préparent la fête de Thanksgiving qui est chamboulée par la crise cardiaque d'Henry. Parallèlement Danny et Jackie enquêtent sur ce qui semble être un suicide forcé. Erin apprend que Jacob est mêlé à un vol d'art et Jamie découvre que Renzulli a des dettes de jeux.

S2 E9 • Dangereuse promenade

Danny est chargée d'escorter un tueur à gages qui doit lui montrer où sont enterrés les corps de meurtre liés à des affaires non résolues. Parallèlement Erin apprend que le FBI s'intéresse à Jacob.

S2 E10 • Les risques du métier

Erin prépare un dossier de racket contre des entrepreneurs en construction et des dirigeants syndicaux quand elle apprend qu'un de ses informateurs, Ray Milo, a été assassiné.

S2 E11 • L'uniforme

Danny et Jackie enquêtent sur un meurtre dans un restaurant où un témoin affirme avoir vu un policier en uniforme quitter les lieux juste après que les coups aient été tirés. Parallèlement Jamie doit prendre un deuxième emploi pour rembourser son prêt étudiant.

S2 E12 • Où étiez-vous le 11 Septembre?

En voiture pour rentrer chez lui avec sa femme et ses enfants, Danny percute un homme qui fuyait un tireur masqué. Linda et les enfants se retrouvent pris entre deux feux et une balle manque de peu de toucher Sean et Jack. Pendant ce temps Frank doit faire face à la mort imminente d'un vieux camarade.

S2 E13 • Les Voix Du Seigneur

Danny et Jackie doivent enquêter sur la crise cardiaque d'une femme riche après que la fille de cette dernière affirme avoir reçu un message de Dieu lui indiquant que son beau-père a tué sa mère.

S2 E14 • Ce qu'on fait pour eux

Un père de famille mexicain se retrouve accusé d'homicide après avoir abattu un cambrioleur qui la menaçait lui et sa famille. Au même moment, Nicky va travailler avec sa mère pour un devoir d'école et Frank doit gérer une affaire délicate impliquent 3 étudiants dont l'un est un membre de la famille du maire.

S2 E15 • Le spectre

Linda s'inquiète sur l'état émotionnel de son mari quand un détective en infiltration et ami de la famille est tué dans l'exercice de ses fonctions.

S2 E16 • Sur le fil

Melanie Maines, une journaliste et ancienne flamme de Frank, est presque agressée sous les yeux de ce dernier. Pendant ce temps la mission d'infiltration de Jamie sur le clan Sanfino prend une tournure importante.

S2 E17 • Le bonnet et le bonnet

Erin poursuit une femme accusée d'avoir tué son riche mari, Samuel Delamar. Le procès se voit chamboulé quand l'avocat de l'accusée est soudainement assassiné. Danny et Jackie sont chargés de l'enquête et il découvre très vite des indices pouvant faire couler le dossier d'Erin.

S2 E18 • Consensus

Danny se retrouve dans une situation délicate quand il découvre qu'une arme à feu provenant du programme de rachat d'armes à feu est liée à un vol à main armée. Il doit décider entre mener une enquête ou respecter les règles du programme "ne pas poser de questions".

S2 E19 • Jouer le héros

Danny sème le trouble au sein d'un département de pompiers quand il décide d'ouvrir une enquête sur le suicide d'un pompier à la demande de son fils de 11 ans qui refuse de croire que son père a pu mettre fin à ses jours. Pendant ce temps Jamie met sa mission d'infiltration en danger quand il devient un héros pour la presse en sauvant un bébé d'un immeuble en feu.

S2 E20 • Justice de femmes

Danny et Jackie sont chargés de protéger un témoin clé dans un procès sur la mafia russe. Parallèlement Erin se voit offrir le poste d'adjoint au maire.

S2 E21 • Fight club

Danny et Jackie enquêtent sur le meurtre suspect de Phil Gibson, un investisseur à haut roulement qui présente des traces de luttes. Pendant ce temps Frank place Jamie en résidence surveillé lorsque Sanfinos met un contrat sur "Jimmy Riordan", l'identité secrète de ce dernier.

S2 E22 • Secrets et mensonges

Frank doit faire face à une course contre la montre pour arrêter une attaque à l'arme biologique sur New-York durant le week-end de la fête des mères. Pendant ce temps Danny et Jamie sont en conflit au sujet d'une enquête de longue date.