S2 E1 • Espion malgré tout

Alors que la CIA et la NSA viennent de récupérer le cipher, la dernière pièce du nouvel Intersect, Chuck réalise qu'il va pouvoir retrouver une vie normale. Il se décide donc enfin à inviter Sarah mais leur premier rendez-vous tourne court lorsque John leur annonce que le cipher vient d'être dérobé.

Première diffusion : 29 septembre 2008

S2 E2 • Opération séduction

Alors que le cipher utilisé s'est révélé être un piège destiné à détruire l'Intersect, Chuck, Sarah et John tente de récupérer le véritable appareil. Ils découvrent qu'il est en possession de Sasha Banacheck, une ex-agent du KGB qui ne peut être approcher que d'une seule manière: En étant séduite. La NSA et la CIA charge donc l'équipe de localisé Roan Montgomery un ex agent spécialiste en la manière afin de transformer Chuck en un redoutable séducteur.

Première diffusion : 6 octobre 2008

S2 E3 • Actes manqués

Au Buy More,Lester use de son nouveau statut d'assistant manager pour déléguer une tâche désagréable à Morgan.De son côté,Chuck doit faire équipe avec Bryce pour retrouver une puce électronique que recherche aussi le Fulcrum.

Première diffusion : 13 octobre 2008

S2 E4 • Promo 98

Sarah rencontre par hasard une copine de lycée, Heather, et son mari.Chuck a un flash sur ce dernier. Il serait impliqué dans une vente de bombe high-tech à des Russes. Pour empêcher cette transaction, Sarah, Chuck et Casey doivent se rendre à la réunion d'anciens élèves au lycée de Sarah.

Première diffusion : 20 octobre 2008

S2 E5 • Champion du monde

Au Buy More,des personnes louches cherchent Jeff alors que Chuck flash sur ces derniers.Chuck et Casey découvrent que ce sont des terroristes qui ont détournés un satellite dormant et qu'ils veulent l'activer pour lancer des missiles.Le code pour désactiver le satellite semble se trouver dans le dernier niveau de Missile Command et Jeff semble être le dernier recours de Chuck pour trouver ce code.

Première diffusion : 27 octobre 2008

S2 E6 • Chuck et son ex

Chuck est appelé pour réparer un ordinateur où il va rencontrer son premier amour,Jill qui lui a brisé le coeur.Alors qu'ils discutent,Jill lui présente son patron sur lequel l'Intersect flash.Ce dernier semble être lié à des armes biologiques.Chuck va devoir en apprendre plus auprès de Jill.

Première diffusion : 10 novembre 2008

S2 E7 • La chasse au trésor

Chuck,Sarah et Casey ont réussi à s'emparer de la liste des agents du Fulcrum infiltrés à la NSA.C'est alors que Winterbourne,un agent du Fulcrum prend Jill en otage afin de récupérer la liste.

Première diffusion : 17 novembre 2008

S2 E8 • Les vertiges de l'amour

Big Mike demande à Morgan,Jeff et Lester de surveiller le Buy More durant Thanksgiving de peur de se faire cambrioler. De son côté Chuck ne sait plus à qui faire confiance après qu'il ait découvert quelque chose sur Jill.

Première diffusion : 24 novembre 2008

S2 E9 • Que la force soit avec toi

Casey doit faire face à son ancien mentor,Ty Bennett qui s'est reconverti dans le vol et la revente d'armes.Trop impliqué,Casey se voit retirer cette mission,ce qui n'est pas pour lui plaire. Pendant ce temps,les parents de Devon débarquent pour aider à planifier le mariage. Au Buy More,Emmett lance le concours de l'employé du mois.

Première diffusion : 1 décembre 2008

S2 E10 • Le compte cheick

Chuck fait la connaissance du père de Sarah,Jack Burton.Ils vont alors s'associer pour tenter d'escroquer un scheik afin de geler ses comptes mais les choses tournent mal. Pendant ce temps, Anna veut emménager avec Morgan.

Première diffusion : 8 décembre 2008

S2 E11 • Intersecret Story

Lors des fêtes de noël,le Buy More est victime d'une prise d'otage.Pendant les négociations pour libérer les otages,Chuck réalise qu'un agent du Fulcrum est présent.

Première diffusion : 15 décembre 2008

S2 E12 • Rock'n Roll attitude

Chuck doit protéger Tyler Martin, une rock star anglaise qui fait la promo de son nouvel album au Buy More et qui annonce que dans certains CD se trouvent des entrées pour son prochain concert qui sera filmé en 3-D. Chuck a un flash et se fait passer pour un agent de sécurité engagé par sa maison de disque.

Première diffusion : 2 février 2009

S2 E13 • Mr et Mme Carmichael

En banlieue, Chuck et Sarah se font passer pour un heureux couple marié et rencontrent une communauté de résidents hauts en couleurs dont un joyeux voisin et une séductrice déterminée à attraper Chuck dans ses filets. Pendant ce temps, la femme de Big Mike demande le divorce, plongeant le chef de Buy More dans la déprime.

Première diffusion : 16 février 2009

S2 E14 • Les ennemis de mon meilleur ami

Chuck aide Morgan à espionner Anna. Il a alors un flash sur son nouveau petit-ami. Jeff et Lester tentent de convaincre Ellie et Awesome d'embaucher leur groupe musical pour leur mariage.

Première diffusion : 23 février 2009

S2 E15 • Mr. Perfect

La jalousie de Chuck s'enflamme lorsque Sarah, au cours d'une mission, doit séduire un bel agent afin d'obtenir des informations importantes. Dans le même temps, Morgan a du mal à supporter la relation que sa mère entretient avec Big Mike et décide de rester à l'appartement de Chuck pour éviter de les voir; Jeff et Lester s'occupent de leur côté de recruter des nouveaux employés à Buy More.

Première diffusion : 2 mars 2009

S2 E16 • L'arme fatale

Chuck doit faire face à la menace Fulcrum et à leur propre Intersect ainsi qu'à l'attirance de Sarah envers Cole. Sarah et Casey ont obtenus des informations sur un homme appelé "Perseus" et qui se cache derrière la construction de l'Intersect de FULCRUM. Alors que Casey et Sarah sont envoyés pour trouver Perseus, Chuck et Cole sont obligés de rester dans un bunker de sécurité. Quand la mission prend une tournure dangereuse, ils décident de ne pas suivre les ordres et de quitter le bunker pour porter secours à Casey et Sarah. Pendant ce temps, Morgan essaye de convaincre Anna qu'emménager avec lui est une mauvaise idée.

Première diffusion : 9 mars 2009

S2 E17 • Le coeur à l'ouvrage

Après que Chuck ait été contacté par le créateur de l'intersect, il doit décider en qui il peut avoir confiance, Sarah et Casey ou ce mystérieux scientifique qui pourrait être en mesure d'effacer l'intersect du cerveau de Chuck ? Entre temps, un conflit éclate entre le Buy More et un autre magasin de Beverly Hills.

Première diffusion : 23 mars 2009

S2 E18 • Protocole d'urgence

La relation de Chuck et Sarah met en danger la situation professionnelle de celle-ci. Le Général envoie donc une femme sans sentiments, l’agent Alex Forrest, évaluer les performances de Sarah dans sa mission. Morgan, Jeff et Lester essayent de se faire inviter à l‘enterrement de vie de garçon d‘Awesome.

Première diffusion : 30 mars 2009

S2 E19 • Le job de ses rêves

La vie de Chuck semble s'améliorer : son père Stephen, absent depuis longtemps, est de retour. Chuck décroche également le travail dont il rêvait avec son héros Ted Roark. Malheureusement pour lui, aucune de ces deux situations ne tourne de la façon dont il l'attendait.

Première diffusion : 6 avril 2009

S2 E20 • Permis de tuer

Après que le père de Chuck ait été kidnappé par Fulcrum, Chuck apprend que sa seule chance de le retrouver est de faire confiance et de mettre sa vie entre les mains de la personne en qui il a le moins confiance – son ex-copine Jill Roberts. Pendant ce temps, l’équipe du Buy More tente de saboter l’évaluation d’Emmett.

Première diffusion : 13 avril 2009

S2 E21 • Les uns tout contre les autres

Lorsque Chuck et Sarah partent sans permission pour sauver le père de Chuck, Stephen, ils découvrent que le temps passé ensemble sans surveillance permet la manifestation d'une attirance inexplorée. Mais alors qu’ils se rapprochent, Casey débarque dans leur cachette. Pendant ce temps Morgan devient le paria du Buy More après avoir permis par erreur la promotion d’Emmett.

Première diffusion : 20 avril 2009

S2 E22 • Le seigneur des alliances

C'est le grand jour pour Ellie. Mais pour que tout finisse bien, Chuck devra sauver la vie de sa sœur, et empêcher Ted Roark et le Fulcrum de gâcher son mariage.

Première diffusion : 27 avril 2009