S2 E1 • L'Enfant de l'alliance

Becket a accouché de Liam, qui grandit et atteint sa taille adulte en quelques heures seulement. William Boone a trouvé une fin tragique, et Liam assiste à ses funérailles. Il sauve Da'an de l'attaque d'une sonde et devient son protecteur...

Première diffusion : 5 octobre 1998

S2 E2 • L'Atavus

Augure met volontairement la vie de Da'an en danger lorsqu'il le déconnecte de la communauté. Ce faisant, il le transforme en une créature primitive monstrueuse que le Synod veut éliminer.

Première diffusion : 12 octobre 1998

S2 E3 • Un voyage dans le temps

Après avoir accidentellement voyagé dans le temps et vu l'avenir, Liam se précipite au QG de la résistance pour tenter d'empêcher un massacre, généré par une expérience Taelon sur la manipulation des esprits.

Première diffusion : 19 octobre 1998

S2 E4 • Interdimension

A la suite du sabotage de leur navette, Liam et Augure se retrouvent projetés dans un univers parallèle. Ils y rencontrent Maiya et font une découverte surprenante sur leur dimension.

Première diffusion : 26 octobre 1998

S2 E5 • Un alter ego

Augure est victime d'un chantage, ce qui l'oblige à se soumettre à une expérience des Taelons. Il est alors transformé en guerrier programmé pour combattre les Jaridians.

Première diffusion : 2 novembre 1998

S2 E6 • Coma

Une sonde Jaridian perturbe la communauté des Taelons, obligeant les extraterrestres à s'en prendre durement à tous ceux qui sont soupçonnés d'appartenir à la résistance. Ils utilisent des humains pour créer une nouvelle force spirituelle.

Première diffusion : 9 novembre 1998

S2 E7 • Le Passage

Des créatures qui se nourrissent de l'énergie d'autres espèces envahissent la Terre, en passant par les portes inter-dimensionnelles des Taelons, et menacent de détruire la planète.

Première diffusion : 16 novembre 1998

S2 E8 • Rédemption

Le CVI de Siobhan Beckett tombe en panne, annihilant son envie de servir les Taelons. Lorsqu'il apprend que Beckett a disparu, Liam Kincaid jure de tout faire pour la sauver.

Première diffusion : 23 novembre 1998

S2 E9 • Fusion

Maiya, souffrante, doit fusionner avec son double dimensionnel, Isabel, avant que les Taelons ne l'utilisent pour détruire le mouvement de libération.

Première diffusion : 28 décembre 1998

S2 E10 • Entre enfer et paradis

Joyce, la fille du docteur Belman, participe à une expérience de bio-ingénierie Taelon, qui la transforme en un hybride extraterrestre très dangereux.

Première diffusion : 4 janvier 1999

S2 E11 • Programme top secret

Liam tente de sauver Lili, retenue en otage par un évadé Jaridian dans un vaisseau Kimera abandonné.

Première diffusion : 11 janvier 1999

S2 E12 • Frères ennemis

Sparrow, scientifique génial mais handicapé, s'associe à Da'an pour créer des clones biologiques, dans le but de transférer son esprit dans un corps sain.

Première diffusion : 18 janvier 1999

S2 E13 • La Fontaine de jouvence

La Résistance combat un nouveau groupe Humano-Taelon qui fait rajeunir les personnes âgées, et leur implante de faux souvenirs pour les transformer en fervents Compagnons.

Première diffusion : 1 février 1999

S2 E14 • Vengeance

Un scientifique renégat invente une machine à téléporter miniature et commence à assassiner les Taelons et leurs collaborateurs.

Première diffusion : 8 février 1999

S2 E15 • Le Feu du ciel

Un combattant de la Résistance ressort de l'ombre et prend la navette volée de Lili pour attaquer l'ambassade des Taelons à Washington.

Première diffusion : 15 février 1999

S2 E16 • Les Volontaires

Les résistants découvrent que les Taelons forment en secret des jeunes volontaires qui pourraient servir de soldats d'infanterie pour leurs guerres dans d'autres mondes. Ne sachant comment les contrer, les résistants tentent de mettre fin à cet enseignement guerrier.

Première diffusion : 22 février 1999

S2 E17 • Matière stupéfiant

Lili essaie de se sevrer d'une drogue très dangereuse qui pourrait provenir d'une ancienne tombe Taelon.

Première diffusion : 12 avril 1999

S2 E18 • Détournement

Liam est soupçonné de sabordage lorsqu'un Karilian endommage le vaisseau de ravitaillement et laisse les Taelons bloqués dans un espace interdimensionnel.

Première diffusion : 19 avril 1999

S2 E19 • Énergie partagée

Un Taelon renégat vient sur Terre pour mettre la Résistance en garde. Il affirme que Da'an est maléfique et qu'elle a réduit leur planète à l'esclavage.

Première diffusion : 26 avril 1999

S2 E20 • Les Foudres célestes

Augure tombe amoureux d'une femme magnifique qui l'engage pour fabriquer d'impressionnantes armes qu'elle vend à ses clients Taelons.

Première diffusion : 3 mai 1999

S2 E21 • Le Messager jaridien

Une sonde Jaridian pénètre dans l'atmosphère terrestre. Malgré l'ordre donné par Zo'or, Da'an ne peut la détruire et la sonde s'écrase sur Terre. La Résistance s'en empare, mais elle est rapidement arrêtée par des membres de l'armée agissant sous le secret et contre les Taelons. A leur tête, Le major Liam Kincaid. Augure, Liam et Julia collaborent pendant que la sonde délivre un message de paix envers l'humanité.

Première diffusion : 10 mai 1999

S2 E22 • Tirs croisés

Le président Thompson est blessé au cours d'un débat avec Jonathan Doors par un militant Taelon. Julia, qui était présente dans la salle avec une arme à feu, est arrêtée. Joshua Doors, qui n'a pas pardonné à son père son attitude vis-à-vis de sa mère, le trahit en le dénonçant comme le commanditaire de l'attentat. Au même moment, les Taelons mènent une vaste opération contre la Résistance. Doors, Augure et Liam, poursuivis par un hélicoptère, sont contraints de se cacher. Da'an est appréhendé. Lili, pour protéger le réseau, tente de détruire le vaisseau mère.

Première diffusion : 17 mai 1999