S2 E1 • L'heure du réveil (1)

Un an s'est écoulé depuis la réapparition des 4400. Diana est désormais officiellement la mère de Maïa. Nina Jarvis a réaffecté Tom à son poste, ce qui permet à ce dernier d'enquêter au sujet d'une jeune femme prénommée Tess. Quant à Richard et Lily, tous deux fuient afin de protéger leur enfant, Isabelle. Enfin Jordan, aidé de Shawn, dirige le Centre 4400.

S2 E2 • L'heure du réveil (2)

Toujours en fuites, Richard et Lily sont poursuivient par trois hommes. La course pousuite se finit mal. Au NTAC, toute l'équipe planche sur l’affaire de l’institut psychiatrique : Tess souhaite finir à bien son projet afin d'entrer en contact avec ceux qui l'ont enlevés. Alors que Maïa disait ne plus avoir de visions depuis de longues semaines, Diana découvre son journal intime dans lequel l'enfant recense tout ce qu'elle voit.

S2 E3 • Voix intérieurs

Gary Navarro, l’un des 4400, perçoit les pensées des autres. Ces voix de plus en plus fortes le pousse à demander l'aide du NTAC. Le gouvernement intéressé par les dons de télépathie du jeune homme l'intègre dans une équipe spéciale. Tandis qu'April, la soeur de Diana, débarque à Seattles. Enfin, Richard et Lily ne savent pas comment réagir face aux dons que développe Isabelle.

S2 E4 • Le poids du monde

Le NTAC découvre le cas d'un 4400 nommé Trent Appelbaum : la salive de celui-ci contient une protéine capable d'accélèrer la perte de poids. Mais on découvre rapidement que cela engendre la mort. De son côté, Jordan Collier reçoit au Centre des 4400 une célèbrité. Enfin, Kyle se rend compte qu'il est sujet à quelques absences de mémoire inexpliquées.

S2 E5 • Génération perdue

A Fairview, une professeur d'art est soupçonnée d'abus sur ses élèves. Tom et Diana sont chargés d'enquêter. Tandis que Shawn vient en aide à Liv, une sans-abris. Dans un supermarché, Richard est arrêté par la police. Jordan apprend la chose, aussitôt il le fait sortir de garde à vue et demande par la même occasion à rencontrer Isabelle.

S2 E6 • Face au destin

Leur fuite terminée, Richard et Lily sont de retour au Centre 4400. Maia a une terrible vision, celle-ci a vu Jordan Collier se faire assassiner. Immédiatement le NTAC se charge de l'affaire et conseille à Jordan d'annuler la manifestation prévue, mais l'homme refuse. De son côté, Shawn propose à Liv d'intégrer le Centre.

S2 E7 • Une vie meilleure

Au petit matin, Tom se réveille et découvre avec surpise que toute sa vie a changé. Désormais il est marié à Alana, son fils Kyle va prochainement intégré une grande école de médecine et surtout les 4400 n'ont jamais existé. Dès lors il essaie de comprendre sa situation et apprend alors que tout provient de l'imagination d'Alana.

S2 E8 • La cavalière de l'apocalypse

Le NTAC est à la poursuite d'une 4400. La jeune femme libère un virus de par ses mains, tuant des centaines de personnes sur son passage. De son côté, Shawn a du mal à se faire à ses nouvelles responsabilités au sein du Centre 4400. April, peu scrupuleuse, se sert des dons de la petite Maia pour s'enrichir.

S2 E9 • Les cicatrices du passé

Edwin, médecin et 4400, se découvre la capacité de guérir les bébés atteints de malformations génétiques. Mais à chaque fois qu'il utilise son don de guérisson, il endommage l'un de ses propres chromosomes. De son côté, Shawn se réconcilie avec sa famille. Enfin Kyle commence à se souvenir de ce qu'il a fait durant l'une de ses absences.

S2 E10 • Fausse piste

Le NTAC recherche activement l'assassin de Jordan Collier, tandis que Tom lui apprend que son fils a quitté la maison. Menant seul l'enquête, il découvre que son fils est l'homme qui a tué Jordan Collier. Il fait alors en sorte de couvrir son fils.

S2 E11 • Sang froid

Kyle culpabilise du fait qu'un innocent ait été arrêté à sa place pour le meurtre de Jordan Collier. Tom l'encourage à se concentrer sur ses études et le laisser se charger du reste... Diana conduit Maia au cabinet médical du NTAC. La jeune fille souffre d'une forte fièvre et a une éruption cutanée inquiétante sur le bras.

S2 E12 • La cinquième page

Alors que Maia est toujours hospitalisée, Diana remarque qu'une page manque au dossier médicale de sa fille. Shawn quant à lui ne réussi plus à guérir. Seule Lily est au courant de son état, Shawn lui demande de garder le secret. Le NTAC s'inquiète, de nombreux 4400 semblent malades...

S2 E13 • Rien n'est encore fini

Tom et Diana tentent de comprendre ce qui rend malade les 4400. Ils découvrent que, lors des divers examens médicaux, les médecins du NTAC ont injecté une substance synthétique aux 4400. Kevin Burkoff cherche alors un moyen pour guérir chacun d'eux.