S2 E1 • Sang maléfique

Une heure après la départ de Jace pour rejoindre Valentin, l'Institut passe en état d'alerte. Clary, Isabelle et Alec décident de partir à la recherche de Jace mais l'arrivée de Victor Aldertree, un représentant de l'Enclave, va les bloquer. Victor décide de remettre de l'ordre dans l'Institut de New-York. Cela pourrait définitivement pousser Clary, Isabelle et Alec a abandonner leurs plan. De son coté, Jocelyn essaye de rattraper tout ce qu'elle a ratée pendant son absence.

S2 E2 • Une porte vers les ténèbres

Jocelyn révèle à Clary la véritable nature de son frère. Ce dernier a été nourris au sang de démon dés sa création, faisant de lui un hybride de Shadowhunters et de démon au pouvoirs maléfique. Aldertree demande à Simon de lui trouver des informations sur les repaires de vampires de la ville après l'attaque de Jace et Valentin dans l'un de ces repaires. La relation entre Clary et Alec ne s'améliore pas, surtout après les multiples pertes subit depuis l'arrivée de la jeune femme dans leurs vie. Valentin comprend que ce n'est pas facile de crée des Shadowhunters, même avec la Coupe, il commence donc à enlever des humains plus forts dans l'espoir qu'ils résisteront à la transformation sans mourir ou devenir des damnés.

S2 E3 • Parabatai

Alec est plongé dans un coma après avoir essayé de se connecter avec Jace via leurs lien Parabatai, seul le retour de Jace peut l'aider à se réveiller. Après avoir sauté du bateau de Valentin avec Clary, Jace se réveille seul sur la plage à coté du cadavre de Gretel. Clary et Isabelle doivent partir à sa recherche si elles veulent sauver Alec avant qu'il ne soit trop tard.

S2 E4 • Jour de colère

Jace est emprisonné à la Cité des Os pour trahison et attend d'être jugé. Clary s'inquiète pour lui mais ce dernier lui demande de le laisser tranquille car ils ne pourront jamais être ensembles. Un cadavre est retrouvé le cœur arraché dans les rues de la ville. Le corps est réquisitionné à l'Institut mais l'équipe ignore qu'un démon se cache à l'intérieur et commence à prendre possession de plusieurs membres de l'Institut. Raphaël est torturé par Aldertree qui exige qu'il lui révèle la position de Camille.

S2 E5 • Ombres et poussière

La mort de Jocelyn est dure pour Alec qui se sent responsable, même si il était possédé au moment du meurtre. Clary n'est pas prête à laisser partir sa mère et décide de trouver un sorcier pour l'aider à la ressusciter. Suite au refus de Magnus, elle contact le Dr. Iris Rouse qui lui propose de faire revenir Jocelyn gratuitement en échange d'un service rendu. Isabelle souffre du dos depuis que Clary a du l'attaquer pour faire fuir le démon de son corps. Aldertree lui propose donc une crème qui semble avoir d'étranges effets sur son corps.

S2 E6 • Les sœurs de fer

Clary et Jace essayent de comprendre comment Clary a fait pour imaginer et utiliser une rune inconnue. Aldertree accepte que Clary accompagne Isabelle dans sa mission chez les Sœurs de Fer mais seulement si cette dernière lui rapporte les faits et gestes de Clary. L'addiction de Isabelle à la crème de Aldertree se renforce et le manque devient de plus en plus important. Simon et Raphaël utilisent la suggestion pour faire oublier à la mère de Simon qu'il est un vampire. Maia et Simon décident de partir à la recherche de Luke, disparu depuis la mort de Jocelyn.

S2 E7 • Comment es-tu tombé ?

Isabelle, toujours accro, décide de partir elle-même à la recherche de la crème vampirique dont elle abuse. Simon accepte d'aller en rendez-vous avec Maia mais son manque d'expérience concernant les filles le pousse à écouter les conseils de Jace qui lui, enchaine les conquête depuis qu'il a retrouvé sa liberté. Luke est contacté par sa sœur Cleophas, qui est de mèche avec Valentin. Clary commence à entendre une voix étrange dans sa tête qui essaye de rentrer en contacte avec elle.

S2 E8 • L'amour est un démon

Isabelle demande à Raphaël de la morde pour lui transmettre sa dose de venin de vampire. Magnus organise une soirée pour fêter l'obtention des runes de Max tout en essayant d'avoir l’approbation de Maryse concernant sa relation avec Alec. Simon décide enfin d'avouer ses sentiments à Clary qui répond de façon positive.

S2 E9 • Liens de sang

With word getting out that Clary is a key part of Valentine’s plan, the Downworlders are at odds on how to handle the issue. But when Iris activates her blood oath, Clary has more to worry about than hiding from Valentine and the Downworlders. Meanwhile, Isabelle and Raphael get closer as Alec tries to figure out what’s going on with his sister.

S2 E10 • À la lumière de l'aube

The New York Institute is under attack as Valentine's plan for The Soul Sword is getting dangerously close to coming to fruition. The Shadowhunters must act fast to save their loved ones and the rest of the Downworld. Meanwhile, some of the Downworlders have their own plan to stop Valentine and their target is Clary.

S2 E11 • Mea maxima culpa

The downworlders retaliate after Valentine's attacks. The New York institute deals with the repercussions Valentine caused. New faces immerge from the shadows to help the Shadowhunters.

S2 E12 • Ceci n'est pas mon corps

Everything is turned on its heads as Azazel remains at large. Meanwhile, Simon asks Isabelle for help.

S2 E13 • Le sang de démon

After several Shadowhunters are killed, The Institute turns to controversial methods to prevent a Downworlder uprising.

S2 E14 • Les fées

Alec has big plans to mend fences with the Downworlders, while Jace and Clary are summoned by the Seelie Queen.

S2 E15 • Un problème de mémoire

Sans aucun souvenir de la soirée précédente, Simon se réveille suspecté de meurtre. Alec envoie Valentin à Idris, et une personne du passé de Sebastian ressurgit.

S2 E16 • Le Jour du Grand Pardon

Après les événements de l'année passée, Simon aimerait suivre les traditions de Yom Kippour, tandis que Clary et Jace se rendent à Idris à la recherche de Valentin.

S2 E17 • Un sombre reflet

Alors que les Shadowhunters se hâtent de trouver le troisième et dernier Instrument Mortel, Clary comprend que son frère Jonathan travaille pour Valentin.

S2 E18 • Éveillez-vous, levez-vous ou soyez à jamais tombés !

Après une attaque, les Shadowhunters, sur le qui-vive, sont sur le point de coincer Jonathan Morgenstern, qui se trouve bien plus près qu’ils ne l’auraient cru.

S2 E19 • Honneur et adieu

Après des années de défiance, les créatures obscures s’allient pour quitter l’Enclave et pourchasser les fugitifs de leur côté, une décision potentiellement explosive.

S2 E20 • Près des eaux paisibles

Les créatures obscures combattent une armée de démons libérés par une faille dimensionnelle qui leur impose un choix : défendre New York ou repousser Valentin.