S3 E1 • Dans l'antre des goa'ulds

Hathor retient Jack, Sam et Daniel prisonniers. Celle-ci, désirant connaître le code d'ouverture de l'iris de la porte des étoiles sur Terre décide que Jack sera l'hôte d'un Goa'uld bientôt arrivé à maturité. Le SG-C envoit des hommes pour récupérer les membres de SG-1 .

Première diffusion : 25 juin 1999

S3 E2 • Seth

Des membres de la Tok’ra, dont Jacob, le père de Sam, arrivent à la base de commandement du SG-C. Ils traquent un dangereux Goa’uld, Setesh, dit « Seth ». Il s’agit de l’ancien dieu égyptien du chaos, incarnation du mal…

Première diffusion : 2 juillet 1999

S3 E3 • Diplomatie

Samantha Carter est promue major de l’armée de l’air. Au cours de la cérémonie officielle, le colonel O’Neill disparaît brutalement, alors qu’il s’apprêtait à faire un discours. Il s’avère qu’il a été « transporté » sur le vaisseau mère des Asgards, où il rencontre Thor…

Première diffusion : 9 juillet 1999

S3 E4 • Héritage

Daniel découvre une tablette qui lui rappelle celle qu'il avait trouvée sur Argos. Il la ramène sur terre mais il est bientôt victime d'hallucinations cauchemardesques qui le rendent à moitié fou. Il semblerait que des parasites aient pris possession de son corps...

Première diffusion : 16 juillet 1999

S3 E5 • Méthode d'Apprentissage

Selon Daniel Jackson, les habitants de la planète Orbade forment l'une des sociétés les plus remarquables de la galaxie. Il ne leur a fallu que quelques décennies pour parvenir au même niveau technologique que les humains. Tout semble indiquer qu'ils feraient d'excellents alliés. Le colonel O'Neill rentre à la base du SG-C en compagnie de leur chef, Kalan, et de sa fille Meryn. Ils ont conclu un marché : chacun échangera ses connaissances avec l'autre. Le capitaine Carter pourra ainsi étudier le fameux réacteur Naquada. Meryn restera à la base le temps d'initier Samantha au fonctionnement de l'engin. Le Naquada est un métal extraterestre rare, très recherché par les Goa'uld, qui en font des armes redoutables...

Première diffusion : 23 juillet 1999

S3 E6 • De l'autre coté du mirroir

Un couple est arrêté dans une zone de haute sécurité du SG-C. La jeune femme prétend être le Dr Samantha Carter ; l’homme se présente sous le nom de Kawalsky. Ils affirment avoir franchi le miroir quantique que les forces du SG-1 ont verrouillé dans la zone 51…

Première diffusion : 30 juillet 1999

S3 E7 • Le chasseur de prime

L’équipe du SG-1 visite une planète inconnue, qui semble avoir été épargnée par la civilisation goa’uld. Dans la forêt, le colonel O’Neill et ses compagnons sont menacés par un mystérieux chasseur de primes, qui affirme avoir neutralisé le dispositif de la Porte des étoiles, empêchant le SG-1 de rentrer…

Première diffusion : 6 août 1999

S3 E8 • Les démons

Dans un village médiéval, la SG-1 libère une jeune femme attachée à un pieu et apprend par le père Simon qu'elle était destinée à servir d'offrande au démon qui terrorise les villageois. Pour les punir, ce dernier exige que cinq humains soient sacrifiés...

Première diffusion : 13 août 1999

S3 E9 • Règles de combat

Le colonel O’Neill et ses compagnons sont les témoins des violents affrontement auxquels se livrent de jeunes soldats. Certains d’entre eux pourraient appartenir à l’équipe du SG-11, disparue depuis plus de 8 mois. En voulant leur porter secours, les quatre membres du SG-1 sont neutralisés par des armes paralysantes. A leur réveil, ils font la connaissance du capitaine Kyle Rogers, commandant en chef du Cadran A…

Première diffusion : 20 août 1999

S3 E10 • Le jour sans fin

L’équipe du SG-1 s’apprête à quitter PX8-873, où les quatre voyageurs ont libéré des esclaves asservis par les Goa’uld. Soudain, Daniel Jackson croit apercevoir la silhouette de sa femme, Sha’re, portée disparue depuis de nombreuses années…

Première diffusion : 8 octobre 1999

S3 E11 • Le passé oublié

SG-1 arrive sur un planète où ils découvrent que toute la population souffre d'amnésie depuis quelques mois... En aidant ce peuple à "soigner" cette amnésie collective, ils vont faire de mystérieuses découvertes...

Première diffusion : 15 octobre 1999

S3 E12 • Les flammes de l'enfer (1/2)

Des membres de la Tok'ra viennet prévenir le SGC que Jacob Carter, le père de Sam, a été fait prisonnier sur Netu, la planète de feu commandée par Sokar, un puissant et maléfique Goa'uld.

Première diffusion : 22 octobre 1999

S3 E13 • Les flammes de l'enfer (2/2)

SG-1 est faite prisonnière par Apophis sur Netu avec Jacob Carter. Seul Teal'c, en orbite dans un chasseur Goa'uld autour de la planète, peut leur venir en aide...

Première diffusion : 29 octobre 1999

S3 E14 • Invasion

Lors d'un retour de mission, lorsqu'ils passent par l'infirmerie, les membres de SG-1 se font administrer un puissant sédatif. Seul Teal'c arrive à se réveiller et surprend une conversation entre Hammond et un alien. Il comprend alors que la base a été envahie durant leur absence.

Première diffusion : 5 novembre 1999

S3 E15 • Simulation

Un représentant du peuple Tolla arrive sur Terre pour inviter SG-1 au procès d'un Goa'uld. Mais le Goau'ld en question n'est autre que Skaa'ra, que SG-1 va devoir défendre au "tribunate" Tolla.

Première diffusion : 21 janvier 2000

S3 E16 • Un étrange compagnon

De retour de l'exploration d'un monde paradisiaque, les membres de SG-1 commencent à avoir un comportement bizarre, puis à entendre des voix.

Première diffusion : 28 janvier 2000

S3 E17 • La pluie de feu

SG-1 se trouve sur un planète où va avoir lieu une pluie d'astéroïdes. Carter pense qu'il est préférable d'évacuer les habitants. Mais lors de l'évacuation, O'neill reste coincé avec quelques habitants...

Première diffusion : 4 février 2000

S3 E18 • Trahisons

SG-1 est en mission sur Tollana pour essayer d'établir avec les Tollas d'obtenir quelques unes de leurs technologies très avancées. Mais les Tollas refusent de partager. Dans un accès de colère, O'neill vole avant de rentrer un appareil sophistiqué...

Première diffusion : 11 février 2000

S3 E19 • Un nouveau monde

A leur arrivée sur une planète, les membres de SG-1 sont capturés (sauf Teal'c) et faits prisonniers.

Première diffusion : 18 février 2000

S3 E20 • Instinct maternel

Bra'tac, le maître de Teal'c, vient demander l'aide de la Terre : Chulak est attaquée par Apophis, qui est à la recherche de l'Arsiesis.

Première diffusion : 25 février 2000

S3 E21 • Le crâne de cristal

SG-1 découvre un crâne de cristal lors d'une mission. Lorsque Daniel s'en rapproche pour l'observer, il est projeté dans une autre dimension, de sorte que plus personne ne le voit, alors que lui voit tout ...

Première diffusion : 3 mars 2000

S3 E22 • Nemesis

Les Asguards demandent l'aide de la Terre pour affronter leurs pires ennemis : les réplicateurs. Ces sales petites bestioles en fer se reproduisent à une vitesse incroyable et détruisent tout sur leur passage...

Première diffusion : 10 mars 2000