S3 E1 • Tatouage

Une meute d'Alphas arrive à Beacon Hill. Parmis la meute d'Alphas se trouve des jumeaux qui pourchassent Isaac et une jeune femme. Tandis que Scott essaye de se faire tatouer deux bandes au niveau du bras droit.

Première diffusion : 3 juin 2013

S3 E2 • Le risque et la récompense

Derek est persuadé que Boyd et Erica sont toujours en vie et pour en être certain il va devoir utiliser Isaac pour qu'il se rappelle ou ils ont été capturé et si ils sont encore en vie. Boyd est gardée prisonnier avec Cora la petite soeur de Derek qui a survécu a l'incendie qui a tué sa famille. Allison découvre que la marque qu'a fait la jeune femme à elle et à Lydia n'est rien d'autre que le symbole de l'ancienne banque de Beacon Hills. En se cachant de la meute d'alpha, Allison va découvrir le corps de Erica.

Première diffusion : 10 juin 2013

S3 E3 • La chasse

Boyd et Cora sont dans la nature, et essaient de tuer tous ceux qu'ils croisent. Scott, Derek et Isaac les traquent sans grand succès: ils demandent donc au père d'Allison de les y aider. Ils arrivent à les enfermer dans le lycée mais une professeur y travaille encore ... Pendant ce temps, Lydia découvre le cadavre d'un jeune homme au bord d'une piscine, et une jeune fille est attaquée par un mystérieux agresseur en forêt. Stiles fait le lien avec la fille disparue pendant sa fête d'anniversaire "Heather" dont le corps a été retrouvé, l'homme retrouvé par Lydia, et la fille disparue dans la forêt: les trois sont vierges et semblent avoir servi de sacrifices.

Première diffusion : 17 juin 2013

S3 E4 • Prédateur

Le mystérieux meurtrier continue ses meurtres en tuant le professeur Harris et un garçon qui n'était pas vierge. Deucalion, le chef des alphas, essaie de recruter Derek dans sa meute. Isaac est en grand conflit avec les jumeaux Ethan et Aiden

Première diffusion : 24 juin 2013

S3 E5 • Tensions

La meute de Derek et de Deucalion se livre un combat sanglant qui tuera Ennis. Kali, Aiden et Mlle Morrell emmenèrent Ennis chez le vétérinaire de Scott.

Première diffusion : 1 juillet 2013

S3 E6 • Motel California

Les élèves s’arrêtent dans un motel pour y passer la nuit avant de reprendre la route le lendemain. Sauf que dans ce motel, 198 personnes sont mortes par suicide tandis que Lydia entend des voix. Inconsciemment, Boyd, Ethan, Isaac et Scott tenteront de se suicider eux aussi mais Lydia, Allison et Stiles leur sauveront la vie. En remerciement, Ethan leur annoncera que Derek n'est pas mort et qu'il a le choix entre tuer sa meute et rejoindre celle des Alphas ou mourir. En effet, gravement blessé, Derek passera la nuit avec la prof qu'il a rencontrée et toutes ses blessures seront miraculeusement guéries. A la fin de l’épisode, les 4 amis se rendront compte que le sifflet de leur coach est la raison qui a poussée les 4 loup-garous à tenter de se tuer puisqu'il contient de l'aconit tue loup. Chris Argent rendra visite à son père pour lui demander pourquoi le nom du Motel lui est familier et lui dira que le grand oncle d'Allison, Alexander, s'est suicidé après avoir été mordu par le loup-garou Deucalion le 5 mars 1977.

Première diffusion : 8 juillet 2013

S3 E7 • Les guérisseurs

Derek, Boyd et Isaac se préparent à recevoir les Alphas, soit pour tuer Derek, soit pour qu'il rejoigne leur meute. Le Dr Deaton se fait enlever. Scott devant ainsi le rechercher, il le retrouvera dans la banque où Erica est morte. Derek, étant contrôlé par les Alphas, tue Boyd. Avant sa mort, il se souviendra de la mort d'Erica qui est morte en ayant combattu Kali.

Première diffusion : 15 juillet 2013

S3 E8 • Oeil pour oeil

Dans le passé Ennis, extrêmement inquiet pour sa meute suite à l'élimination d'un de ses membres par la famille Argent, rencontre Kali, Deucalion, et leurs meutes respectives pour envisager des actions en représailles. Malgré les conseils de Talia Hale, la mère de Derek qui est également une Alpha respectée car elle est capable de se transformer totalement en loup, Ennis décide de se venger. Deucalion décide de rencontrer Gérard Argent, ne tenant pas lui non plus compte de la mise en garde de Deaton et de Talia Hale. Gérard lui tend un piège, décime sa meute à l'exception d'un membre, et lui crève les yeux. Deaton le soigne et, alors que Deucalion demande à rester seul, Marco, le seul survivant de sa meute, tente de le tuer. Deucalion se défend et parvient alors à le tuer, constatant que ses yeux pourtant aveugles peuvent parfois voir. D'autre part, Derek adolescent s'éprend d'une jeune fille du nom de Paige. Encouragé par son oncle Peter, il demande à Ennis de la mordre, ce qu'il fait. Malheureusement, elle ne se transforme pas mais meurt lentement. A sa demande, Derek met alors fin à ses souffrances. Ses yeux prennent alors la couleur bleue, signe qu'il a tué un être innocent.

Première diffusion : 22 juillet 2013

S3 E9 • La fille qui en savait trop

Le tueur a frappé une nouvelle fois en tuant le professeur d'histoire et en essayant de tuer Lydia

Première diffusion : 29 juillet 2013

S3 E10 • Laissés pour compte

Scott et Derek sont piégés avec Deucalion et les jumeaux Alphas dans l'hôpital de Beacon Hills qui a été évacué à cause de la tempête. Jennifer essaye de fuir Deucalion mais ce dernier la coince avec Derek dans un ascenseur où elle lui raconte son passé. Deucalion retient la mère de Scott en otage puis la libère, malheureusement Jennifer doit accomplir ses 3 sacrifices, ce qui l'amène a capturer Mme McCall.

Première diffusion : 5 août 2013

S3 E11 • Le Nemeton

D'un côté, Peter et Derek tentent de sauver Cora au prix du pouvoir d'alpha de Derek. De l'autre, Jennifer capture le père d'Allison. L'agent du FBI qui enquête sur les disparitions et semble bien connaître Stiles s'avère être le père de Scott qui, lui, se prépare à se sacrifier avec Stiles et Allison pour sauver la vie de leurs 3 parents respectifs : Mélissa McCall, le shérif Stilinski et Chris Argent en prenant leur place lors du sacrifice sans que Jennifer le sache.

Première diffusion : 12 août 2013

S3 E12 • Ellipse lunaire

Kali et Ethan veulent tuer Derek pour venger Ennis mais au lieu de trouver Derek ils trouveront Jennifer Blake qui va tuer Kali. Scott, Stiles et Allison ont trouvé le nemeton mais une tempête va le détruire à cause de Jennifer. Scott est devenu un Alpha authentique.

Première diffusion : 19 août 2013

S3 E13 • Ancrage

Scott, Stiles et Allison souffrent des effets secondaires suite au sacrifice rituel. Le Sheriff Stilinski fait des recherches sur des affaires non classées.

Première diffusion : 6 janvier 2014

S3 E14 • Malia

Scott et ses amis réfléchissent sur la façon d'attraper le "coyote garou" avant qu'il soit traqué. Un allié improbable aide Derek et Peter à s'évader.

Première diffusion : 13 janvier 2014

S3 E15 • Musca

Quand un meurtrier condamné s'échappe avant une opération, Scott et ses amis essaient d'aider sa cible.

Première diffusion : 20 janvier 2014

S3 E16 • La marque

Beacon Hills se retrouve dans un couvre-feu après une coupure d'électricité. Les ados organisent une soirée d'Halloween sans lumière. Scott essaie de gagner la confiance de Kira.

Première diffusion : 27 janvier 2014

S3 E17 • Doigt d'argent

Le père d'Allison raconte son temps au Japon, alors âgé de dix-huit lui et les membres des yakuza japonais ont rencontré les silhouettes encapuchonnées qui se sont révélées être les oni, des démons japonais. Stiles est épuisé à cause de tous ces événement qui se sont précédées. Melissa va conseiller à Stiles de se reposer mais elle va découvrir que les symptômes que Stiles développe sont les mêmes que sa mère Claudia.

Première diffusion : 3 février 2014

S3 E18 • L'énigme

Stiles a disparu. Tout son entourage se mobilise pour le retrouver.

Première diffusion : 10 février 2014

S3 E19 • Poison

Le câble électrique a fait des blessés comme Isaac et Kira a réussi à l’arrêter grâce à ses pouvoirs. Allison et Lydia sont allées parler à Peter qui a demandé à Lydia de découvrir quel souvenir lui a pris sa sœur Talia, la mère Derek. Pendant ce temps, le coach de Scott est blessé par une flèche, le commissariat de police a explosé à cause d'une bombe qui blesse Derek qui a sauvé Chris Argent et les démons Japonais se battent contre Scott et Kira. Quant à Stiles, ce dernier se révèle être le fameux Nogitsune.

Première diffusion : 17 février 2014

S3 E20 • Eichen house

Scott et ses amis cherchent un important artefact japonais quand un établissement psychiatrique appelé Eichen House propose des réponses et un choix difficile pour Stiles.

Première diffusion : 24 février 2014

S3 E21 • Le renard et le loup

Un indice important est révélé dans l'histoire d'un camp d'internement de la Seconde Guerre mondiale ; le rôle de Kira est plus important, et elle découvre des capacités insolites.

Première diffusion : 3 mars 2014

S3 E22 • Dans la tête de Stiles

Scott et Lydia combinent des capacités dans le but de gagner haut la main ; l'avenir de Stillinski sera décidée par une commission d'examen.

Première diffusion : 10 mars 2014

S3 E23 • Insatiable

Kira finds herself facing an unexpected antagonist; Scott and his friends try to survive against an enemy growing ever stronger.

Première diffusion : 17 mars 2014

S3 E24 • Le coup divin

One last stand is made by Scott, Derek and their allies.

Première diffusion : 24 mars 2014