L'exemple-type du deuxième opus supérieur à son prédécesseur. L'extrêmement doué Bryan Singer réussit donc un tour de force en signant la suite de son déjà surprenant X-Men, soignant doublement sa mise en scène, retravaillant ses personnages et appuyant les éléments clés d'une nouvelle intrigue passionnante tout en ne réitérant pas les mêmes erreurs que son précédent film. Le réalisateur livre ainsi aux fans ce qu'ils étaient en droit d'attendre : un scénario aussi fidèle au comics qu'inédit, cette nouvelle intrigue étant la parfaite continuité des aventures des mutants depuis l'emprisonnement de Magneto, mêlant donc nouveaux personnages (Diablo, Pyro, William Stryker) et nouvelle trame cette fois-ci séparée en plusieurs segments qui se regrouperont dans un final pétaradant.
Après avoir vaincu Magneto et ses trois sbires, les X-Men vont devoir affronter un Général de l'Armée Américaine désireux d'éradiquer les mutants en s'infiltrant directement au Manoir Xavier et en enlevant le plus de mutants possible. Séparée en trois groupes distincts, la troupe de super-héros va devoir non seulement sauver les siens mais également découvrir qui est ce mystérieux Général Stryker qui a l'air de connaître très intimement Logan... Le scénario va donc beaucoup plus loin, s'intéressant principalement au fameux passé trouble de Wolverine laissé en suspense dans le film précédent. Les personnages sont ici plus travaillés, leurs personnalités respectives devenant de plus en plus dévoilées.
Outre son scénario poussé et un ton beaucoup plus sombre et violent, Bryan Singer ajoute des scènes d'action d'anthologie comme l'inoubliable entrée de Diablo à la Maison Blanche, le virulent face-à-face entre Wolverine et son alter-égo féminin Lady Deathstrike ou encore l'évasion de Magneto depuis sa prison de verre, lequel s'échappe grâce à un étonnant stratagème prouvant une fois de plus tout le génie maléfique de ce Némésis hors du commun. N'omettant ni les séquences épiques ni les passages émouvants, le scénario déploie des rebondissements et des dialogues savoureux, que seul Singer était capable de pondre. En bref, une excellente séquelle, meilleur opus de la présente trilogie et un magnifique film fantastique bourré d'action, d'effets visuels surprenants et de combats ébouriffants.