Assassin's Creed se déroule dans un univers fictif dans lequel le monde a été créé par Ceux qui étaient là avant, des individus disposant d'une puissance technologique très avancée. À leur disparition, ils laissent sur Terre des artefacts (du nom de fragments d'Éden) permettant d'assurer le progrès de l'Humanité. Opposés par leurs idéaux, les Assassins et les Templiers ne considèrent pas de la même façon comment l'Homme doit évoluer, ainsi, les Assassins recherchent la liberté individuelle tandis que les Templiers veulent contrôler les populations et les guider.
L'entreprise Abstergo Industries, officieusement contrôlée par les Templiers, étudie les mémoires génétiques des individus (grâce à la technologie appelée Animus) pour trouver les réponses dans le passé au questionnement de la localisation des artefacts.
Après cet évènement, la société Abstergo Entertainment voit le jour, toujours contrôlée par les Templiers, cette société propose des produits de divertissement permettant l'exploitation des mémoires génétiques de chacun. Abstergo Entertainment développe ensuite Helix, qu'il rend disponible auprès du grand public.