Mega Typhoon est un jeu de tir à défilement vertical. Le joueur prend le contrôle d'un vaisseau spatial avec pour objectif de tuer tous les aliens maléfiques qui se déplacent. L'accent est mis sur l'action rapide et les nombreuses formations ennemies à tuer. Bien sûr, il y a aussi divers power-ups à collecter qui améliorent les systèmes d'armes ou les boucliers du vaisseau. Utile est la quantité limitée de l'intelligence des bombes qui nettoie l'écran entier.