Hydefos est un jeu de tir à défilement fluide, une rareté sur MSX, où le défilement est généralement saccadé, et un exploit que le développeur Hertz avait déjà réussi dans un titre précédent, le jeu de plates-formes et d'action Psychic World. Vous pilotez l'un des cinq vaisseaux à travers des niveaux comportant des embranchements. Ainsi, deux parties peuvent se dérouler différemment selon le chemin que vous empruntez.