S.D.I. se déroule en 2017 dans une réalité alternative, dans laquelle l’Union soviétique existe toujours et constitue une menace pour les pays du monde libre. Un groupe extrémiste soviétique, composé de membres du KGB, a pris le contrôle des installations d'un lancement spatial Russe afin de tirer des missiles nucléaires sur l'Amérique. Vous incarnez le commandant McCormick qui doit sauver sa nation et le monde.