S3 E1 • Le crime ne paie pas

Alors qu'ils étaient perdus dans une forêt de Johto, Sacha et ses amis découvrent un Pokémon sur un lac qui s'enfuit. Sans le savoir, ils viennent de rencontrer un Suicune le chien légendaire aqueux. Parallèlement, la Team Rocket arrive au laboratoire du Professeur Orme. Ce dernier croyant qu'il s'agit de l'Infirmière Joëlle, leur demande d'emmener un Kaiminus au centre Pokémon faire un bilan de santé. Au lieu de cela, le trio kidnappe Kaiminus. Sacha et ses amis arrivent enfin à Nouvelle Écorce (Bourg Geon) où Sacha doit s'inscrire pour la ligue Johto. Arrivés au centre Pokémon, ils constatent que l'Infirmière Joëlle est absente. Un message indique qu'elle se trouve au laboratoire du Professeur Orme. Ils se rendent sur place et l'Agent Jenny leur apprend qu'un vol a eu lieu. Trois individus ont volé le Kaiminus qu'une jeune dresseuse devait recevoir des mains du Professeur Orme. Ce dernier est un grand scientifique et un ami du Professeur Chen. Nos héros et Jenny décident d'agir et partent sur les traces des voleurs. Plus loin, ils retrouvent Jessie, James, Miaouss et Kaiminus. Un combat s'engage, mais les Pokémon de la Team Rocket sont surpassés par ceux de Sacha. Ils sont envoyés vers d'autres cieux dans la foulée. Plus tard, Sacha s'inscrit à la Ligue Johto. Il appelle également le Professeur Chen pour lui signifier son arrivée à Johto. Avant de partir, nos héros apprennent par Joëlle que la première arène se situe à Mauville. C'est avec un nouvel objectif que l'aventure de Sacha, Ondine et Pierre se poursuit.

Première diffusion : 14 octobre 1999

S3 E2 • Leçon de base-ball

Lors d'un duel Pokémon, Sacha bat à plates coutures un jeune et ambitieux Dresseur qui s'enfuit, démoralisé.

Première diffusion : 21 octobre 1999

S3 E3 • Une fin juteuse

Sacha et ses amis découvrent une forêt où des envahisseurs Scarabrute provoquent une déforestation massive.

Première diffusion : 28 octobre 1999

S3 E4 • Un gisement très convoité

Première diffusion : 4 novembre 1999

S3 E5 • Des illusions et des confusions !

Première diffusion : 9 novembre 1999

S3 E6 • Le pouvoir des fleurs !

Première diffusion : 18 novembre 1999

S3 E7 • Les filets de la justice !

Première diffusion : 25 novembre 1999

S3 E8 • L’argent ne fait pas le bonheur !

Première diffusion : 2 décembre 1999

S3 E9 • Le tout petit des grands bois !

Première diffusion : 9 décembre 1999

S3 E10 • Une nouvelle amitié !

Première diffusion : 16 décembre 1999

S3 E11 • Rituel annuel

Première diffusion : 23 décembre 1999

S3 E12 • Le coup de sifflet

Première diffusion : 1 janvier 2000

S3 E13 • Une amitié indestructible

Première diffusion : 6 janvier 2000

S3 E14 • Une jeune pousse à la rescousse

Première diffusion : 13 janvier 2000

S3 E15 • L'air contre le feu

Première diffusion : 20 janvier 2000

S3 E16 • Mélodrames à chaude larmes

Première diffusion : 27 janvier 2000

S3 E17 • Destructions en tous genres

Première diffusion : 3 février 2000

S3 E18 • La Séparation

Première diffusion : 10 février 2000

S3 E19 • Sourira bien qui sourira le dernier

Première diffusion : 17 février 2000

S3 E20 • Le Pokémon Blues

Première diffusion : 24 février 2000

S3 E21 • Vivre de l'air du temps

Première diffusion : 2 mars 2000

S3 E22 • Le Super Héros, super secret

Première diffusion : 9 mars 2000

S3 E23 • De l'électricité dans l'air

Première diffusion : 16 mars 2000

S3 E24 • Engagé pour Combattre

Première diffusion : 23 mars 2000

S3 E25 • Tout feu tout flamme

Première diffusion : 30 mars 2000

S3 E26 • Etat de sécheresse

Première diffusion : 6 avril 2000

S3 E27 • Suspens en suspend

Première diffusion : 13 avril 2000

S3 E28 • Dans le feu de l’action

Première diffusion : 20 avril 2000

S3 E29 • Apprentissage du dressage

Première diffusion : 27 avril 2000

S3 E30 • Échanges et mélanges

Première diffusion : 4 mai 2000

S3 E31 • Une escouade qui a le feu sacré

Première diffusion : 11 mai 2000

S3 E32 • Fugueur à faire peur

Première diffusion : 18 mai 2000

S3 E33 • Le bout du tunnel

Première diffusion : 25 mai 2000

S3 E34 • Le voleur mystérieux

Première diffusion : 1 juin 2000

S3 E35 • Duel pour un Pokémon

Première diffusion : 8 juin 2000

S3 E36 • Chaud devant !

Première diffusion : 15 juin 2000

S3 E37 • Un amour débordant

Première diffusion : 22 juin 2000

S3 E38 • Prise de bec

Première diffusion : 29 juin 2000

S3 E39 • Meilleurs ennemis

Première diffusion : 6 juillet 2000

S3 E40 • Psychiquement vôtre

Première diffusion : 13 juillet 2000

S3 E41 • La chasse au trésor

Première diffusion : 27 juillet 2000