S3 E1 • Saisons de la mort

Grunchlk, l'assistant du chirurgien, libère un Scarran dans le vaisseau. Scorpius utilise un appareil lui permettant de contrôler Grunchlk et cherche à s'échapper de la planète glacée avec la puce qu'il a récupéré.

Première diffusion : 16 mars 2001

S3 E2 • Soleils aimants

Moya s'amarre à une station de commerce et l'équipage, qui cherche un remède pour Zaan, peut se reposer et dépenser l'argent qu'ils ont volé. Mais soudain, une violente tempête frappe la station et menace de revenir.

Première diffusion : 23 mars 2001

S3 E3 • Quand la roue tourne (1)

Moya est aspirée à l'intérieur d'un vortex et entre en collision avec un vaisseau. Les deux fusionnent accidentellement et le seul moyen de les séparer pour s'échapper entrainera la destruction d'un des deux vaisseaux. L'équipage de l'autre vaisseau est bien sûr prêt à tout pour que Moya soit détruit.

Première diffusion : 30 mars 2001

S3 E4 • Quand la roue tourne (2)

L'équipage cherche à se libérer du vortex mais cela se complique lorsque leurs nouveaux "amis" commencent à saboter Moya pour sauver leur vaisseau. Parallèlement, en examinant les données récoltées par le vaisseau alien, Crichton tombe sur une image de la Terre.

Première diffusion : 6 avril 2001

S3 E5 • Différentes destinations

L'équipage du Moya se rend sur les ruines d'un monastère et y trouve un mémorial en l'honneur de courageux Pacificateurs. Ils se retrouvent subitement dans le passé, au milieu de la bataille qu'ont mené les Pacificateurs, et vont changer le cours de l'Histoire pour l'améliorer.

S3 E6 • Mange-moi

Crichton, D'Argo et Chiana se retrouvent sur un Léviathan qui constituait une ancienne prison pour criminels aliénés. L'un d'eux, Kaarvok, qui a pris possession du vaisseau, s'adonne à de drôles d'expériences.

Première diffusion : 1 avril 2001

S3 E7 • Les risques du mensonge

L'équipage constate que leur réputation ne leur est pas d'un grand secours lorsqu'il leur faut négocier des médicaments au milieu de l'intrigue politique locale. Mais l'identité duelle de John s'avère utile.

Première diffusion : 15 juin 2001

S3 E8 • Mauvaise passe

Tandis que Rygel et Stark sont partis en mission, Talyn est avalé par un Budong. Il est pris au piège dans son oesophage et Stark les informe que l'estomac du monstre est un véritable brasier.

Première diffusion : 22 juin 2001

S3 E9 • Temps perdu

Lorsque Moya traverse un nuage électromagnétique, Crichton commence à souffrir d'étranges pertes de mémoire et d'hémorragies. Le reste de l'équipage pense que les symptômes de John sont la conséquence d'une grande fatigue.

Première diffusion : 29 juin 2001

S3 E10 • Mauvais contact

Tandis que Talyn est en pleine guérison sur une planète inhabitée, un vaisseau de Pacificateurs arrive pour tenter de capturer Talyn et le rebelle Crais. Ce vaisseau agit sur les ordres de Xhalax, la mère d'Aeryn, que cette dernière n'a pas revu depuis son enfance.

Première diffusion : 6 juillet 2001

S3 E11 • Incubateur

Les chercheurs de Scorpius n'ont pas réussi à concrétiser les voyages dans les trous de ver. Les pilotes-testeurs ont connu des morts horribles. Pourtant un de ces chercheurs, Linfer, insiste pour piloter lors du prochain test, convaincue d'avoir la solution. Sceptique, Scorpius accepte.

Première diffusion : 13 juillet 2001

S3 E12 • Fusion

Talyn se sent soudainement irrésistiblement attiré vers le soleil qui émet d'étranges radiations. Crais, Aeryn et Crichton se précipitent à son secours. Finalement Talyn tente de résister à l'attraction et se met en orbite autour de l'étoile.

Première diffusion : 14 juillet 2001

S3 E13 • Extraction mortelle

Fatigué de supporter les querelles incessantes de Crichton et D'Argo, Pilot les chasse de Moya pour dix jours et les envoie sur une planète de loisirs appelée LoMo. Leur première soirée sur cette planète est plutôt arrosée, si bien qu'ils se réveillent dépouillés de leurs vêtements et de leur argent.

S3 E14 • Possibilités infinies (1)

Talyn a une apparition d'un des Ancients, ayant pris la forme du père de Crichton, Jack. Ce dernier accuse Crichton d'avoir partagé la science de stabilisation des trous de ver avec les Charrids, considérés comme des individus vicieux et surtout alliés des Scarrans.

Première diffusion : 27 juillet 2001

S3 E15 • Possibilités infinies (2)

Le clone de Scorpius semble avoir pris le dessus dans l'esprit de Crichton. Aeryn est prête à le tuer. Mais Jack, réalisant que le clone est sur le point de mourir, détourne le bras d'Aeryn à la dernière seconde, sauvant leur ami et sonnant le glas de l'ennemi.

Première diffusion : 3 août 2001

S3 E16 • La vengeance de l'ange

D'Argo est furieux de découvrir que Crichton s'est introduit sans sa permission à l'intérieur de son nouveau vaisseau et l'accuse d'y avoir causé un dysfonctionnement. Ce dernier nie mais D'Argo ne le croit pas et le pousse violemment. Crichton se cogne la tête et tombe dans le coma.

Première diffusion : 10 août 2001

S3 E17 • Le choix

Désespérée suite à la mort de Crichton, Aeryn insiste pour visiter une mystérieuse planète où il serait possible de communiquer avec les morts. Là, elle rencontre un alien qui prétend être son père, Talyn.

Première diffusion : 17 août 2001

S3 E18 • Fractures

Un groupe de prisonniers évadés aborde Moya avec un otage, un technicien pacificateur, et demande asile. Peu de temps après, Aeryn, Crais et Rygel arrivent à leur tour. Mais peu de temps après un message de détresse destiné aux pacificateurs est envoyé à partir de Moya. Qui est le traitre ?

Première diffusion : 24 août 2001

S3 E19 • Synchronisation

D'Argo et Rygel rencontrent Braca et Scorpius dans une zone neutre, un restaurant, afin de négocier avec lui. Mais ils sont soudain attaqués par deux braqueurs. Parallèlement, Talyn devient incontrôlable et violent.

Première diffusion : 5 avril 2002

S3 E20 • Dans l'antre du lion (1)

L'équipage de Moya arrive sur le vaisseau amiral, soi-disant pour donner à Scorpius la technologie des vortex mais en réalité pour saboter ce projet. Crichton parvient lentement à gagner la confiance de Scorpius mais commence lui aussi à comprendre de mieux en mieux son vieil ennemi. C'est alors qu'un commandant pacificateur arrive sur le vaisseau pour ordonner à Scorpius de mettre un terme à ses recherches sur les vortex.

Première diffusion : 12 avril 2002

S3 E21 • Dans l'antre du lion (2)

Crichton et le reste de l'équipage de Moya réalisent qu'il est trop dangereux de laisser la technologie des vortex aux mains des pacificateurs. Le seul moyen pour arrêter les recherches, qui se rapprochent dangereusement du but, est de détruire le vaisseau amiral.

Première diffusion : 19 avril 2002

S3 E22 • Reflet trompeur

L'équipage se prépare à se séparer définitivement. Avant cela, Moya veut déposer les restes de Talyn dans un espace sacré pour sa race, mais un Leviathan fou leur barre la route. Parallèlement, Crichton a des visions étranges d'un futur possible sur Terre avec Aeryn.

Première diffusion : 26 avril 2002