Tout commence quand au XXIè siècle apparaissent tout à coup de gigantesques robots qui détruisent des villes entières. Un jeune garçon, Daisaku Kusama, va découvrir que ces machines sont l'héritage d'une ancienne civilisation. Mais surtout, il entre en contact avec l'un d'entre eux,Giant Robo 1 (GR-1), qu'il parviendra à piloter. Soutenu par une organisation secrète, il va se battre pour protéger la planète...