S6 E1 • L'USS Equinox (2)

Provisoirement protégée de l'attaque des aliens, Janeway doit retrouver l'Equinox, déjouer les plans de Ransom et délivrer Seven of Nine.

Première diffusion : 22 septembre 1999

S6 E2 • Instinct de survie

Désirant promouvoir les échanges culturels et les contacts amicaux dans une base spatiale, Janeway accorde des permissions à son équipage et accueille des visiteurs.

Première diffusion : 29 septembre 1999

S6 E3 • Sur le grand fleuve de la mort

Lorsque sa navette traverse une tempête d'ions, B'Elanna est blessée et tombe dans le coma. Elle a alors des visions de Klingons qui la tuent avec ses coéquipiers.

Première diffusion : 6 octobre 1999

S6 E4 • Des désirs pour des réalités

L'expérience de rêve éveillé du Docteur tourne mal lorsque des aliens s'introduisent dans ses pensées et compromettent son programme.

Première diffusion : 13 octobre 1999

S6 E5 • Alice

L'équipage découvre une décharge datant de l'ère spatiale. Le Voyager, qui doit absolument se ravitailler, croise ensuite le chemin d'un négociant avide.

Première diffusion : 20 octobre 1999

S6 E6 • Énigmes

Alors que le Delta Flyer rentre de mission, Tuvok est attaqué par un alien caché à bord appartenant à une race xénophobe, appelée Ba'Neth.

Première diffusion : 3 novembre 1999

S6 E7 • Les dents du dragon

Le Voyager est attiré dans un corridor subspatial, et parcourt 200 années-lumière jusqu'à être stoppé par les Turei, qui revendiquent la propriété du labyrinthe.

Première diffusion : 10 novembre 1999

S6 E8 • Un petit pas

Le Voyager croise une ellipse de gravitons, un phénomène dangereux qui émerge du sous-espace en de rare occasions.

Première diffusion : 17 novembre 1999

S6 E9 • Le complot

Lorsque Seven optimise son alcôve borg pour qu'elle puisse traiter des volumes colossaux de données, cela donne lieu à des allégations de complot à bord du Voyager.

Première diffusion : 24 novembre 1999

S6 E10 • Le projet Pathfinder

De retour sur Terre, le lieutenant Barclay se sert d'hologrammes pour concevoir un plan permettant d'entrer en communication avec le Voyager.

Première diffusion : 1 décembre 1999

S6 E11 • Hâvre de paix

Grâce au nouvel hologramme créé par Tom, l'équipage du Voyager se retrouve dans un petit village irlandais où le capitaine Janeway se rapproche de l'un des habitants.

Première diffusion : 12 janvier 2000

S6 E12 • En un clin d'oeil

Le Voyager est piégé dans l'orbite d'une étrange planète où le temps s'écoule 1 000 fois plus vite que dans la galaxie environnante.

Première diffusion : 19 janvier 2000

S6 E13 • Virtuose

Une espèce apprécie tellement les talents de chanteur du Docteur que ce dernier envisage de démissionner de son poste et de rester avec ses millions de fans.

Première diffusion : 26 janvier 2000

S6 E14 • Mémorial

Les membres d'une mission se mettent à rêver à une espèce qu'ils n'ont jamais rencontrée et qui est en guerre sur une planète inconnue.

Première diffusion : 2 février 2000

S6 E15 • Tsunkatse

Lorsque Seven of Nine et Tuvok sont enlevés alors qu'ils sont en mission, Seven est obligée de prendre part à un combat à mort.

Première diffusion : 9 février 2000

S6 E16 • Le collectif Borg

Plusieurs enfants borgs enlèvent Chakotay, Kim, Neelix et Paris.

Première diffusion : 16 février 2000

S6 E17 • Les possédés

Paris et Kim font halte à New Haven, une ville holographique. Les choses se compliquent lorsque les personnages voient l'équipage modifier des éléments du programme.

Première diffusion : 23 février 2000

S6 E18 • Tu retourneras à la poussière

Lyndsay Ballard réapparaît. Pourtant, elle avait été tuée lors d'une mission d'exploration il y a trois ans, puis inhumée traditionnellement dans l'espace.

Première diffusion : 1 mars 2000

S6 E19 • Jeu d'enfant

Seven of Nine devrait être ravie car les parents d'Icheb ont été retrouvés, mais elle a des doutes lorsqu'elle apprend les circonstances de l'assimilation de l'enfant.

Première diffusion : 8 mars 2000

S6 E20 • Le guide et les égarés

Seven of Nine, qui a entrepris d'évaluer l'efficacité à bord du vaisseau, attire l'attention du capitaine sur trois "moutons noirs" passés à travers les mailles du filet.

Première diffusion : 15 mars 2000

S6 E21 • Arnaque et prospérité

Trois comédiens se font passer pour Janeway, Chakotay et Tuvok et perpétuent des délits dans tout le quadrant, salissant la réputation du vaisseau Voyager.

Première diffusion : 19 avril 2000

S6 E22 • Muse

Kim et B'Elanna prennent le Delta Flyer pour partir à la recherche de dilithium, mais s'écrasent sur une planète, où B'Elanna est retrouvée par un poète local.

Première diffusion : 26 avril 2000

S6 E23 • Furie

Kes revient à bord du Voyager. Vieillie, aigrie et plus puissante que jamais, elle met à sac le vaisseau et voyage dans le temps pour essayer de changer son histoire.

Première diffusion : 3 mai 2000

S6 E24 • Ligne de vie

Les chercheurs du projet Pathfinder se servent d'un pulsar et du réseau Midas pour que le Voyager puisse recevoir des communications et y répondre tous les 32 jours.

Première diffusion : 10 mai 2000

S6 E25 • Hantise sur le pont 12

Neelix vit un moment de panique alors que le Voyager s'apprête à procéder à une coupure générale d'électricité avant d'entrer dans une nébuleuse astronomique.

Première diffusion : 17 mai 2000

S6 E26 • Unimatrice zéro (1)

Janeway voit une occasion de déranger les Borgs lorsque Seven of Nine visite un mode virtuel où les drones conservent leur individualité pendant un court moment.

Première diffusion : 24 mai 2000