S2 E1 • Le phoenix

L'épisode commence avec une fée et de petites créatures (Mini-fées) qui s'échappent d'un phœnix mauvais. Après, le Winx Club retourne à Alféa pour leur deuxième année et trouve une fée qui est épuisé, elle s'est échappé, mais sans les mini-fées.

S2 E2 • Les mini-fées

La nouvelle fée se présente comme Layla et demande l'aide du Winx Club pour sauver ses amies les Mini-fées (Pixies) enlevé qu'elle n'a pas sauvée, mais se révèle qu'elle a une mini-fée bébé, Piff. Les Trix obtiennent leur Gloomix du Lord Darkar, le Phœnix mauvais.

S2 E3 • Les mini-fées ont disparu

Avec l'aide de spécialistes, les Winx tentent de sauver les mini-fées. Pendant le sauvetage, Brandon et Stella sont séparer du groupe.

S2 E4 • Un coup de foudre

Brandon et Stella trouvent une civilisation souterraine. La princesse Amentia oblige Brandon à être son mari. S'il refuse, Stella mourra par manque de lumière.

S2 E5 • Connection parfaite

Le reste du Winx Club se regrouper pour sauver les mini-fées, et elles l'atteignent.

S2 E6 • Le mariage de Brandon

Après le départ du repaire de Lord Darkar, Bloom, Stella, Layla, Sky et les mini-fées essayent de sauver Brandon.

S2 E7 • La pierre mystérieuse

Un monolithe apparaît près d'Alféa et neutralise la magie de n'importe quel créature que s'approche. Les Winx tenter de détruire le monolithe, mais échouent.

S2 E8 • Une fête inoubliable

Le Winx Club vont à Fontaine Rouge pour une fête d'ouverture. Les Trix s'infiltrent dans le fête et se font passer pour d'autres, envoyées par Lord Darkar pour capturer une partie du codex. Hélia apparaît.

S2 E9 • Le secret du Professeur Avalon

L'intérêt du nouveau professeur (Avalon) sur Bloom fait que le reste du Winx Club lui portent des soupçons.

S2 E10 • La crypte du Codex

Les Trix lancent une attaque contre le nouveau bâtiment de Fontaine Rouge pour capturer une partie du codex, et elles l'atteignent. Sky meurt mais il est repris par Bloom.

S2 E11 • La course contre la montre

Pour un sort, les mini-fées deviennent nostalgiques et veulent de retourner dans leur village. S'ils vont à leur village, Lord Darkar aura une autre partie du codex.

S2 E12 • Les Winx passent à l'action

Dans le première sale travail de Darkar, pour un sort de Darcy, un spécialiste (possédé par Darcy) corrompt le simulatieur dans un examen des Winx.

S2 E13 • La danseuse

Bloom, se rend à Gardénia (sur Terre) avec ses amies afin de soutenir sa mère durant un procès. Pendant ce temps Musa et Layla attirent l'attention de personnes pas du tout recommandables.

S2 E14 • Bataille sur la planète Eraklyon

Sky part avec Bloom, Flora et Brandon sur la planète Eraklyon, afin de sauvé son ancienne fiancée, la princesse Diaspro, qui a été enlevé par des hommes de Yoshinoya. Pendant ce temps à Alféa, Stormy a une confrontation avec Musa.

S2 E15 • Que la fête continue

Musa est préparé pour chanter à Fontaine Rouge, mais son père s'oppose à son intérêt pour la musique et veut transférer Musa dans une autre école. Stormy retour et attaques le père de Musa pour se venger de la fée.

S2 E16 • Hallowinx

Les Winx accompagnent Bloom à Gardénia, invité par Mitzi pour fêter Halloween. Mais une drôle de surprise attend nos fées.

S2 E17 • L'alliance improbable

Les Winx vont à la Tour Nuage avec Mirta comme une guide pour protéger une partie du codex de là.

S2 E18 • Au cœur du danger

Les Trix vont à la Tour Nuage pour capter une partie du codex de là.

S2 E19 • L'espion de l'ombre

Suite à un voyage mystique organisé par le Professeur Avalon, Bloom se retrouve possédée en attrapant un virus de l'ombre, la rendant maléfique. Les Winx se voient contraintes d'affronter leur amie...

S2 E20 • Le village des Pixies

Faragonda décide d'envoyer les Winx et les Spécialistes en vacances afin qu'elles se changent les idées. Parti en forêt le professeur Avalon est blessé et Livy, la mini fée messagère, décide de retourner au village des mini-fées pour récupérer l'essence d'un arbre capable de le soigner. Elle ignore cependant qu'Icy la suit... Cette dernière détruit l'arbre de vie et récupère la 4ème et dernière partie du codex. En voulant lui échapper, Livy se retrouve à Downland et demande de l'aide auprès de la princesse Amentia.

S2 E21 • Le pouvoir de Charmix

Alors que les Winx sont en vacances, Lord Darkar décide, maintenant qu'il a les 4 parties du Codex, de régner sur la Terre. Mais il a besoin d'une énergie suffisamment puissante pour contrôler les Ténèbres et cette énergie...c'est Bloom qui l'a. Pendant ce temps, de leurs côtés, Stella décide d'organiser un défilé de mode. En voulant secourir Layla partie en forêt, elle se découvre son Charmix. Riven, en espionnant les Trix apprend leurs intentions de vouloir piéger les Winx pour capturer Bloom. Musa, décidant pour une fois de lui faire confiance, acquiert elle aussi le pouvoir du Charmix.

S2 E22 • L'attaque des Trix

Timmy organise un stratagème pour piéger les monstres et par la même occasion les Trix. Mais Tecna ne lui fait pas confiance. Layla, en essayant d'échapper aux monstres, se perd et tombe dans une grotte, se retrouvant seule, isolée et sans pouvoir. Piff partie prévenir les autres, se fait accompagner par Bloom et les autres mini-fées pour la retrouver. En réussissant à affronter sa peur du noir, Layla révèle ainsi son Charmix. En route pour rejoindre les autres, les mini-fées attrapent un rhume inquiétant. Après avoir gagné contre les Trix, Tecna obtient elle aussi son Charmix en s'excusant auprès de Timmy pour avoir osé douter de lui.

S2 E23 • Moment de vérité

Alors que Flora reste dans le village des Mini-fées afin de guérir l'Arbre de Vie, le vrai Avalon réussi à s'échapper du château de Lord Darkar et arrive à Alféa. Flora gagne son Charmix en avouant ses sentiments à Hélia.

S2 E24 • La prisonnière du Donjon

Les Winx, les Mini-fées et le directeur des spécialistes vont sauver Bloom, qui est sous le charme de Darkar. Darkar rejoint a l'Ombre du Fire et la Flamme du Dragon.

S2 E25 • Face à face

Les Winx et les spécialistes continuent chercher Bloom, qui a été transformé en Dark Bloom, et vont au château de Darkar. Darkar se prépare à entrer dans le royaume de Realix avec Dark Bloom (Bloom sous le charme du Darkar).

S2 E26 • Le dernier combat

Le moment de vérité est enfin arrivé et les Winx sont encore bien loin du portail ouvert par Lord Darkard. Le phœnix de l'ombre débute la cérémonie du pouvoir en demandant à Bloom des ténèbres de réciter l'incantation du Realix. Pendant ce temps, les Spécialistes combattent courageusement les créatures des souterrains et Foragonda, Griffin et Codatorta se retrouvent face à face dans un combat qui les livre à Kerborg, le démon de Darkar. Les directeurs arrivent à vaincre le monstre par un sort de force, mais ils savent que le pire est encore à venir, et que l'affrontement contre Drakar ne sera pas de tout repos. Ailleurs, les Winx sont bloquées par un groupe de monstres, mais Tecna leur propose un plan : celui de se séparer afin de ne pas se vider toutes en même temps de leurs énergies Charmix. Alors, la fée de la technomagie invoque son Charmix seule en compagnie de Digit, prête à détruire ces créature et laisser aux autres fées de continuer leur chemin. Plus loin, les Winx se retrouvent piégée de deux démons. Musa et Flora se chargent de s'en débarrasser avec l'aide de Tune. Arrivée au cœur du château, Layla et Stella tentent d'ouvrir un autre portail en utilisant une copie du Codex gardée précieusement par les mini-fées gardiennes. Le portail ouvert, Layla et Stella se lancent dans la dimension du Realix. Elles retrouvent facilement Bloom, qui a bien avancé dans sont rituel, mais sont face au seigneur des ténèbres qui les attendait. Le pouvoir des deux fées semble impuissant face à Lord Darkar qui les neutralisent très vite. Mais heureusement, les Winx et les Spécialistes atteignent le portail à temps pour sauver Stella et Layla. Malheureusement ils sont aussi vaincus et seuls Musa et Flora résistent encore un peu. Lord Darkar prend rapidement l'avantage, mais un événement va faire pencher la balance… les Trix sont de retour et sont furieuse contre Darkar. Un combat les opposent, mais les sorcières ne sont pas assez puissantes. Bloom quant à elle libère le Realix, signal que la lutte est terminée et remportée par le phœnix. Mais la déclaration que Sky fait à Bloom libère la fée de l'emprise des ténèbres qui part à la rescousse de ses compagnons. Les Winx, les Spécialistes et les directeurs sont prêts pour l'assaut final. Les garçons et les directeurs s'empressent de former un bouclier, alors que les Winx invoque le pouvoir du Charmix et le converge dans une attaque qui pulvérise le phœnix. Les Winx ayant gagnées, elles retournent à Alféa ou toute l'école les accueille très chaleureusement.