Le village portuaire d'Amide a un secret. On dit qu'un pacte a été passé avec les sirènes. Elles confieraient un de leur œuf, tous les 60 ans, au prêtre du village contre une mer bienveillante et une pêche abondante. Tous les 60 ans elles viendraient le récupérer avant d'en confier un autre.
Mais à notre époque moderne, le village voit accueillir un projet de complexe touristique soutenu par le prêtre actuel. Tout l'équilibre de ce coin de nature risque d'être menacé.
Le pacte de la mer est un conte, une poésie qui prend vie sous la plume de Satoshi Kon. Le style aux traits clairs et faussement simple est précis, détaillé. Le découpage est cinématographique car pour l'auteur, il n'y a pas de barrière entre BD et cinéma. Le thème est celui de l'opposition pour ne pas dire la guerre entre modernité et tradition, technologie et nature. Un thème cher et récurent dans la culture japonaise moderne.