Suite à l'enfermement de Magnéto dans le premier film, les débats sur les mutants continuent si bien qu'un nouveau venu nommé Diablo et capable de traverser les murs tente dès le début du film d'assassiner le président des Etats-Unis. Les mutants des deux camps sont amenés à s'associer face au dangereux Stryker, ancien militaire voulant tous les anéantir, et cette association fait tout l'intérêt de cette suite qui complexifie le manichéisme de la saga. D'autres X-Men font leur apparition : Iceberg a désormais un rôle plus important aux côtés de Malicia et un de ses frères s'avère contrôler les flammes. Du nom du Pyro, on peut supposer qu'il passera du côté des méchants pour la suite vu comment il réagit face aux policiers qui viennent chez lui, et sachant qu'il semble partir avec Magnéto à la fin. Mystique a un rôle prépondérant grâce à l'utilisation de son camouflage et Magnéto n'a jamais été aussi charismatique. Son association était bien évidemment un leurre car il n'hésite pas à se servir du professeur X afin qu'il anéantisse l'humanité (l'extrême opposé de la volonté de Stryker), ce qui rend le personnage d'autant plus fourbe. Alors qu'une guerre semble imminente, Charles Xavier et ses mutants mettent en garde le président tout à la fin, qui s'apprêtait à signer un accord séparant définitivement humains et mutants, qui ne sont pourtant pas forcément ennemis. Le film est aussi bien réussi dans sa trame scénaristique que dans ses combats qui restent rares, ses effets spéciaux et ses moments tragiques comme le sacrifice de la copine de Cyclope.