Beaucoup de fans vénèrent Jodorowsky pour ses scènes mystico-philosophiques. Le film est ainsi devenu un film culte de la culture officielle, naguère appelée la contre-culture. Le problème c'est qu'il n'y a pas de philosophie ni de mystique. L'alibi intello s'estompe vite et après plusieurs scènes de tueries on a bien compris l'escroquerie. C'est juste des images et du cinéma de série Z kitch. L'originalité promise par les photos n'est qu'un leurre. Les tics de mise en scène sont vite repérés. La nudité et le viol, le goût pour le sang qui coule en abondance à presque chaque plan : voilà la recette de Jodorovsky. Pour continuer l'analyse des décors d'un film de Jodorowsky il faut rajouter les grands chapeaux, les grands espaces, les tortures d'animaux (des dizaines de lapins en train d'agoniser, une brebis crucifiée), l'infirmité exhibée, les corps mourants recouverts par une légère couche Grand Initié - Maîtres spirituels. Sous des images sans fil conducteur le spectateur moyen est noyé dans l'outrance et dans un délire visuel dépourvu d'émotion. En fin de compte le film a pu faire illusion à la génération précédente, celle des baba cools, avec l'aide de gros pétards ou de champignons hallucinos pour les aider à mieux comprendre.
Pour certains le film est censé montrer les pires défauts de la nature humaine. Ce n'est pas évident du tout puisque El Topo est présenté dès le départ comme un héros et un Initié. La seconde partie, se voulant toute différente par la mutation du caractère d'El Topo est en fait la copie de la première. Massacres, corps malmenés, bains de sang, le côté gore est à peine masqué par un alibi de chamanisme. On ne peut pas nier la créativité du Chilien mais le scénario probablement inspiré par le LSD est complètement incohérent. Ou alors Jodorovsky avait beaucoup d'idées mais il n'a pas su les exploiter. Et les tueries réelles d'animaux n'arrangent rien. La morale c'est qu'il ne faut jamais se laisser impressionner par le statut de film culte: l'étiquette film culte est souvent un simple outil de marketing pour promouvoir des films démodés. [critique écrite en 2018]