Le père Bernard Preynat, mis en cause dans des affaires d'agressions sexuelles sur mineurs, a demandé le report du film de François Ozon qui le désignait comme coupable. Cela est contraire à la présomption d'innocence qui prévaut en droit français. Cependant, la justice a rejeté cette requête, considérant qu'elle n'était pas proportionnée à l'atteinte à la présomption d'innocence.
« Grâce à Dieu, tous ces faits sont prescrits » a déclaré en mars 2016 le cardinal Barbarin, accusé d'avoir tu les agissements pédophiles du père Preynat. C'est cette phrase qui a choqué par ce lapsus révélateur du silence de l’Église et qui a inspiré le titre du dernier film de François Ozon. Il y raconte l'histoire de trois hommes aux caractères différents qui ont vécu la même tragédie : les attouchements répétés d'un prêtre pédophile lors de camps scout et de séances de catéchisme. Ce n'est qu'en 2014 qu'Alexandre Dussot-Hezez, interprété par Melvil Poupaud, décide de dénoncer les agissements du père Preynat dont il a été victime après avoir découvert qu'il était toujours au contact d'enfants. Surviennent alors d'autres témoignages comme celui de François, à l'origine de la création de l'association La parole libérée.
La parole est centrale et est présente tout au long du film à travers les correspondances en voix-off entre les autorités religieuses et les victimes, à la manière d'un journal intime. On assiste à la libération de la parole de trois personnes à travers trois histoires successives en commençant par le personnage d'Alexandre, à l'origine de la plainte. Alexandre, bourgeois pratiquant, a construit une famille et va régulièrement à l’Église. François semble s'en être remis et a masqué ce choc et Emmanuel, le plus affecté, porte toujours les séquelles des crimes dont il a été victime. A l'origine, Ozon voulait faire un documentaire sur les victimes mais il s'est rétracté afin de ne pas les exposer davantage. Il a donc opté pour une fiction en changeant les noms de famille des victimes mais tout en conservant les noms des accusés.
Et, effectivement, le réalisateur accuse. Ozon dénonce l'hypocrisie de l'institution à travers notamment la scène de prière suite au premier entretien entre Alexandre de le père Preynat. Déstabilisé, Alexandre accepte, avec réticence, de prier avec lui comme si une simple prière pouvait faire oublier le passé. Alexandre est même réduit à l'état d'enfant du fait que le prêtre le tutoie. Ozon va plus loin lorsqu'il fait le portrait du cardinal Barbarin. Celui-ci prétend ne pas avoir le temps de recevoir Alexandre qui souhaite briser le silence de l’Église mais reçoit quand même ses fils, tout juste confirmés. De plus, il tique sur le mot pédophile et prétend qu'il faut utiliser le mot pedosexuel pour désigner les agissements de Preynat.
Après L'Amant double, on aurait pu attendre des scènes de malaises, surtout celles concernant les actes pédophiles montrés en flash-backs, mais Grâce à dieu est tout en retenu et ces passages sont filmés de manière très pudique et symbolique. Cependant, ces flash-backs apparaissent comme inutiles vu que tout est dit par la parole. Émouvant sans être larmoyant, Ozon rend hommage aux personnes blessées. Il filme ses acteurs souvent de dos comme pour ne pas désigner une victime mais toutes les victimes, qui n'ont pas encore eu gain de cause, le procès de Bernard Preynat étant prévu pour la fin de l'année.