Jadis père indigne, aujourd'hui vieillard énigmatique et ambigü, Maurice réapparait sans raison apparente et prend pension chez son fils ainé, lequel voue pourtant à son géniteur une rancune tenace.
Anne Fontaine explore les relations tendues entre les deux hommes, entre un père qui ne cherche ni excuse ni repentance à son abandon de famille, et un fils qui semble en porter depuis toujours le fardeau. Insensiblement, le mystère familial se dévoile, tandis que la réalisatrice entame une réflexion plus ou moins implicite sur l'importance de la fonction de père.
Anne Fontaine ne porte pas de jugement sur l'attitude de l'un ou de l'autre, au point que Michel Bouquet est désormais cet homme auquel on reconnait le droit d'avoir tourné le dos à ses responsabilité familiales, au point que le ressentiment de Charles Berling et son traumatisme lointain n'empêchent pas un caractère sinistre, celui du directeur de clinique et de bourgeois qu'il est devenu.
Film austère par son formalisme intimiste et sombre, film intelligent par son contenu psychologique, "Comment j'ai tué mon père" est emblématique d'un certain cinéma français "en quête de sens": grave et figé jusqu'à l'affectation, et donc pas franchement divertissant.