Le film s'ouvre sur une apparition terrifiante, un cri d'effroi, installant la peur comme sentiment premier, comme adressée d'emblée en un regard inquiet aux spectateurs : voyez, désormais, une autre version de l'Histoire qu'on vous a contée, passons de l'autre côté, et constatons l'horreur que l'Homme blanc a apporté.
Dès ces premiers instants, Magellan est plombé par la mort ; au carton de titre succède une série de plans étirés sur une plage ensanglantée, jonchée de cadavres. Ne laissant aucun équivoque, Lav Diaz, par la radicalité de son style paradoxalement frontal et suspendu à la fois, lie, à raison, la colonisation au massacre, au vol, à la destruction.
En quatre grands volets, son film aborde les dix dernières années de la vie de l'explorateur-colonisateur, et notamment celles de son ultime grand voyage, qui le fit découvrir le fameux Détroit qui porte son nom, et aborder les îles des actuelles Philippines, Mactan et Cebu. Mais le réalisateur se refuse évidemment à toute facilité, au biopic facile et aux images d'Épinal (on est loin du Colomb épique de Ridley Scott qui s'agenouille sur la terre qu'il touche enfin au son des tonitruants synthétiseurs de Vangelis) ou au simple récit historique et chronologique, il préfère un montage déboussolant, alternant entre étirement des plans à l'envi et ellipses soudaines de plusieurs années, préfère au gros plan et à l'action l'angle décalé, le retrait, la distance et l'arrière-plan, la création de vignettes comme autant de peintures rigoureuses et un habile format 4:3 en contrepied.
Magellan s'approche en effet plus de l'expérience anthropologique et sensorielle, se transformant vite en une œuvre qui, par ses images saisissantes, terrifiantes et magnifiques (ces contre-jour, ces couleurs, ces captations d'une nature vivante sont hypnotisantes), questionne l'humanité dans ce qu'elle a de plus sombre, va se frotter à ses limites, à son horreur pure. Magellan est une œuvre habitée par la mort, qui en semble le sang tant elle est le commencement et l'issue de tout, une œuvre qui laisse derrière elle tant de cadavres, un film rythmé par les éructations, la douleur, le sang et les corps qui cicatrisent, les supplications, les pleurs, les cris et la boue. Lav Diaz vient creuser avec un masochisme perturbant (rendant l'expérience intense) la folie, l'ambition démesurée, et au final la désespérance.
Ce que nous montre le réalisateur est peut-être avant tout l'errance d'hommes qui, abandonnés par tous, s'en remettent au divin, s'y abandonnent corps et âmes, se dressent vers le Ciel, lui tendent les mains, hurlent, chacun dans sa langue, son nom. Entre rites, sacrifices, transes et prières désespérées, le film est constamment déchiré par ces plaintes désespérées ; l'humanité captée par le réalisateur est pitoyable et d'une absolue solitude.
Car aux prières, nul retour. Ne persiste que le silence effroyable de Dieux finalement bien absents, le bruit des vagues et du vent dans les voiles et les palmes pour seule réponse. Le temps s'éprouve alors dans sa concrétude et sa cruauté et les humains semblent bien misérables face à son implacable cours.
La grande Histoire se réduit alors, sous l'œil réaliste de la caméra, en de misérables et ridicules non-événements, sans souffle épique, à une poignée d'hommes qui se battent pour imposer leur propre vérité ou résister à son remplacement. La colonisation prend alors tout son triste sens, résumée à des batailles antispectaculaires mais barbares, à de tragiques et vains massacres.
Derrière l'expérience mystique de ce film qui semble traversé par le départ définitif des Dieux et l'attente de leur retour, où la douleur est comme le moteur des sociétés, il réside un évident message politique ; en retournant le point de vue, la colonisation y est donc montrée dans son horreur, encore trop contemporaine, répondant à la seule avidité de certains. Et malgré la lumière spectrale, la puissance bouleversante des images qui procurent un agréable sentiment d'irréalité, Lav Diaz montre bien, en se plaçant du bon côté, une entreprise massive d'effacement des cultures par la manipulation et la violence, de disparition par la destruction et la mort de ce qui fait une société, une culture, faisant de la conversion religieuse non une expérience transcendantale choisie mais une contrainte face à la menace.
Jouant avec les limites (celles de la folie des hommes, celles de la violence insoutenable, celle du temps long et celles de son spectateur), Lav Diaz impose son talent dans ce grand film qui mérite qu'on lui donne, pour décanter, encore du temps.