Les messages "cachés" derrière chaque épisode de Mushishi sont tous d'une grande profondeur, pour l'avoir regardé quand j'étais ado, je n'en avais pas saisi l'essence à l'époque. Chaque épisode est une claque dans la gueule et une leçon de vie que tout un chacun devrait retenir. La nature est toujours mise au premier plan et l'animé essaie de nous apprendre comment la respecter tout en sachant s'en protéger parce qu'elle peut parfois être dangereuse, sans la détruire pour autant. La "lenteur" de l'animé (souvent pointée comme un défaut) nous apprend également à respirer dans un monde de plus en plus dense et industrialisé, à savoir contempler les petites choses, à prendre le temps sans se précipiter.