En 2000, X-men sort dans les salles de cinéma et rencontre un important succès critique et commercial. Le film démontre qu'une adaptation de comics de super-héros peut séduire un large public tout en adoptant un ton plus sérieux et réaliste. Son succès contribue à relancer l'intérêt d'Hollywood pour les super-héros et participe à l'émergence de ce qui deviendra, quelques années plus tard, l'âge d'or des adaptations de comics. Face à ces excellents résultats, la 20th Century FOX ne tarde pas à mettre une suite en chantier. Le studio souhaite capitaliser rapidement sur la popularité du film et lance le développement d'un deuxième opus presque immédiatement après la sortie du premier.
Bryan Singer est naturellement reconduit au poste de réalisateur. Dès le début du développement, il réfléchit à la manière d'élargir les thématiques abordées dans le premier film. Celui-ci se terminait sur une discussion entre le Professeur Charles Xavier et Magnéto, laissant entendre qu'un conflit inévitable entre les humains et les mutants se préparait. Cette conclusion sert de point de départ à la suite. Pour ce deuxième film, Singer décide de faire monter les enjeux en confrontant l'ensemble de la communauté mutante à un nouvel antagoniste : William Stryker, colonel de l'armée américaine convaincu que les mutants représentent une menace pour l'humanité. Marqué par un passé personnel tragique, il nourrit une obsession envers Charles Xavier et son école, qu'il considère comme le cœur du problème. Dans le plus grand secret, Stryker prépare un plan destiné à éradiquer l'ensemble de la population mutante, faisant de lui l'incarnation de la peur et de l'intolérance qui traversent toute la saga X-men.
David Hayter est chargé d'écrire le scénario à partir des idées développées par Bryan Singer. Son premier traitement est toutefois jugé trop ambitieux par le studio. Afin de maîtriser le budget, la FOX confie une importante réécriture à Michael Dougherty et Dan Harris, deux collaborateurs réguliers de Singer. Leur mission consiste notamment à simplifier le récit en supprimant plusieurs personnages et séquences particulièrement coûteux à mettre en scène. Des mutants comme le Fauve, Angel ou encore Dent de Sabre disparaissent ainsi du scénario, tandis que des éléments emblématiques des comics, comme les Sentinelles ou la Salle des Dangers, sont abandonnés. Ces coupes permettent de concentrer le récit sur les personnages principaux tout en renforçant l'intrigue autour de Wolverine, de son passé mystérieux et de son lien avec William Stryker, qui devient le véritable moteur dramatique du film.
En 2003, X2 sort au cinéma et approfondie les thèmes de la discrimination, de la peur de l'autre et du vivre-ensemble déjà présents dans le premier opus.
L'un des plus grands mérites du film est de faire évoluer le conflit instauré dans le premier film. Là où le premier opus reposait essentiellement sur l'opposition entre les idéaux du Professeur Xavier et de Magnéto, cette suite élargit considérablement son propos en faisant de l'humanité elle-même une menace pour les mutants. Ce changement de perspective permet au scénario d'approfondir les thèmes fondateurs de la saga, notamment le racisme, la xénophobie, la peur de la différence et les dérives de l'exclusion. Les mutants ne sont plus simplement victimes de préjugés ; ils deviennent les cibles d'une véritable politique d'extermination menée par William Stryker. Dès lors, les frontières entre alliés et adversaires se brouillent. Les rancœurs personnelles s'effacent devant une menace commune, donnant naissance à des alliances aussi inattendues que passionnantes. Les X-men doivent ainsi collaborer avec Magnéto et Mystique, pourtant responsables des événements du premier film. Cette coopération forcée illustre toute la richesse morale du récit : chacun agit selon ses propres convictions, mais tous comprennent qu'ils ne survivront pas sans unir leurs forces. Le film abandonne ainsi toute vision manichéenne au profit d'un affrontement idéologique où chaque camp possède sa propre lecture du monde.
Patrick Stewart et Ian McKellen retrouvent leurs rôles respectifs avec une aisance remarquable. Bien que légèrement en retrait afin de laisser davantage de place aux plus jeunes mutants, ils demeurent les véritables piliers émotionnels du récit. Tous deux incarnent des figures paternelles dont les idéaux continuent de guider leurs disciples, même lorsqu'ils sont absents de l'action. Le Professeur Xavier reste fidèle à son rêve d'une coexistence pacifique entre humains et mutants. Son optimisme est pourtant mis à rude épreuve lorsqu'il tombe entre les mains de William Stryker. Prisonnier d'un ennemi qui détourne ses extraordinaires pouvoirs psychiques à des fins génocidaires, Xavier devient malgré lui l'instrument d'une catastrophe qu'il a toujours cherché à éviter. À l'opposé, McKellen campe un Magnéto toujours aussi charismatique. Survivant de la Shoah, persuadé que l'Histoire est condamnée à se répéter, il refuse de croire à la réconciliation entre les deux espèces. Pourtant, face aux ambitions de Stryker, il accepte de s'allier temporairement aux X-men afin de sauver Xavier, son plus vieil ami autant que son plus grand adversaire. Cette relation complexe constitue l'un des cœurs émotionnels du film.
Là où le premier film servait avant tout d'introduction à un univers foisonnant, celui-ci peut enfin exploiter pleinement son potentiel. Bryan Singer n'a plus besoin de présenter ses personnages : il peut désormais les faire évoluer au sein d'une intrigue plus dense, plus spectaculaire et plus mature. La suite assume ainsi une ambition que son prédécesseur, limité par son budget et la nécessité de poser les bases de la franchise, ne pouvait encore se permettre. Cette montée en puissance se ressent dès la séquence d'ouverture, devenue l'une des plus célèbres de l'histoire des films de super-héros. Dans un ballet aérien mêlant téléportation, acrobaties et combats chorégraphiés, Diablo s'infiltre dans la Maison-Blanche afin d'assassiner le président des États-Unis. Cette scène impressionne autant par sa mise en scène que par sa portée narrative. En quelques minutes seulement, elle démontre la dangerosité potentielle des mutants aux yeux de l'opinion publique tout en révélant que Diablo agit sous l'influence de William Stryker. Dès lors, le film installe un climat de paranoïa et de méfiance qui ne cessera de s'intensifier jusqu'à son dénouement.
Contrairement au premier film, celui-ci adopte une véritable structure chorale. Les personnages sont constamment séparés en plusieurs groupes qui poursuivent des objectifs différents avant de se retrouver lors du dernier acte. Cette construction narrative permet de multiplier les points de vue tout en donnant davantage de profondeur à l'univers. Chaque protagoniste poursuit ainsi sa propre trajectoire. Wolverine cherche à découvrir les secrets de son passé ; Malicia apprend à trouver sa place parmi les X-men ; Iceberg affronte le rejet de sa famille ; Pyro remet en question les enseignements de Xavier ; Jean Grey voit ses pouvoirs gagner en intensité tandis que Mystique poursuit ses propres objectifs. Toutes ces intrigues s'entrecroisent sans jamais nuire à la fluidité du récit. Si Bryan Singer parvient globalement à donner à chacun un moment de bravoure ou une scène marquante, certains héros demeurent malgré tout moins développés que d'autres.
Hugh Jackman livre une prestation encore plus nuancée en explorant toutes les facettes du célèbre mutant. Derrière son tempérament sauvage et son humour cynique se cache un homme hanté par un passé dont il ignore presque tout. Le scénario approfondit ainsi les liens entre Wolverine et le programme Arme X, révélant progressivement l'implication de William Stryker dans les expérimentations qui lui ont fait perdre son humanité. Cette quête identitaire donne une véritable profondeur au personnage et nourrit plusieurs scènes particulièrement intenses, notamment lorsque Logan retourne sur les lieux de sa transformation. Parallèlement, Jackman développe un Wolverine plus humain qu'auparavant. Son attachement aux jeunes élèves de l'institut, sa relation protectrice avec Malicia ou encore ses sentiments contradictoires envers Jean Grey révèlent une sensibilité que son apparence dissimule difficilement.
Anna Paquin, Shawn Ashmore et Aaron Stanford, jeune trio, apporte au film une dimension plus intimiste. À travers eux, le film évoque avec beaucoup de finesse les difficultés de l'adolescence, l'acceptation de soi et le regard que la société porte sur ceux qui sont différents. Ashmore interprète un Iceberg tout en retenue, son célèbre échange avec ses parents, au cours duquel il leur révèle sa nature mutante avant de subir leur incompréhension, constitue l'une des métaphores les plus explicites du coming-out jamais proposées dans un blockbuster hollywoodien. À l'inverse, Stanford compose un Pyro impulsif, provocateur et profondément frustré. Convaincu que les mutants sont supérieurs aux humains, il refuse les principes de Xavier qu'il juge trop conciliants. Son attirance progressive pour les idéaux de Magnéto apparaît alors comme une conséquence logique de son mal-être. Le contraste permanent entre Iceberg, symbole de maîtrise, et Pyro, incarnation de la colère, renforce la richesse des deux personnages.
James Marden, Halle Berry, Famke Janssen, Alan Cumming et Rebecca Romijn gravitent autour de Wolverine en incarnant respectivement Cyclope, Tornade, Jean Grey, Diablo et Mystique.
Brian Cox livre une prestation particulièrement convaincante dans le rôle de William Stryker, qu'il interprète comme un homme persuadé d'agir pour le bien de l'humanité. Loin d'être un simple militaire autoritaire, Stryker apparaît comme un manipulateur capable d'utiliser aussi bien la science que la psychologie pour parvenir à ses fins. Son lien avec Wolverine renforce considérablement son importance dramatique. Il ne représente pas seulement une menace pour les X-men : il incarne également le passé que Logan cherche désespérément à retrouver. Cette dimension personnelle rend leur affrontement d'autant plus intense. Le film introduit également Lady Deathstrike, interprétée par Kelly Hu. Silencieuse mais impressionnante, elle constitue un parfait reflet de Wolverine : même squelette recouvert d'adamantium, mêmes griffes meurtrières et même condition de victime des expériences d'Arme X. Son spectaculaire affrontement contre Logan demeure l'un des temps forts du film. On peut toutefois regretter que le personnage reste essentiellement réduit à cette fonction, faute d'un véritable développement.
X2 est plus ambitieux, plus spectaculaire et surtout plus mature que son prédécesseur. En approfondissant les thématiques de la discrimination, de la peur de l'autre et du libre arbitre, le réalisateur démontre qu'un film de super-héros peut conjuguer divertissement et réflexion sans sacrifier l'un au profit de l'autre. Porté par une mise en scène maîtrisée, un scénario dense et une distribution particulièrement investie, X2 développe avec intelligence un univers où chaque personnage possède sa propre identité et ses propres motivations. Malgré quelques protagonistes encore sous-exploités, l'équilibre entre les scènes d'action, les enjeux émotionnels et les débats idéologiques demeure remarquable. X2 est l'un des films qui a contribué à définir les standards modernes du genre, en prouvant qu'un blockbuster pouvait être spectaculaire tout en abordant des sujets profondément humains.