Sonic Heroes est déroutant au premier abord : on retrouve la formule des Sonic Adventure mais il faut constamment jongler entre les aptitudes des trois personnages et les niveaux paraissent interminables, ce qui donne l'impression que la progression est hachée, constamment freinée et lourde alors que le plaisir d'un Sonic est, au contraire, de pouvoir tracer et filer à toute allure avec des passages ébouriffants et spectaculaires (il suffit de se remémorer les moments cultes du premier Sonic Adventure). Le jeu est donc très frustrant au début. Il faut beaucoup de temps avant de rentrer dedans et comprendre où Sega a voulu en venir. Avec un peu de patience on commence à saisir la philosophie du jeu quand on chope le coup pour alterner entre les personnages et leurs capacités complémentaires. Le level design, au départ nébuleux, apparaît un peu plus évident et possède même quelques passages originaux et plutôt impressionnants. Sans forcément être aussi visuellement explosifs et marquants que ceux des Sonic Adventure, certains niveaux sont au moins aussi ambitieux, voire plus, en terme d'architecture, de quoi facilement donner le vertige, à l'image du niveau dans la ville ou celui à bord de la flotte d'Eggman. Mine de rien, Sonic Heroes a de l'ambition et ne cherche pas à se reposer uniquement sur les acquis des précédents épisodes.
Malheureusement, le jeu n'échappe pas au défaut numéro un des Sonic 3D, à savoir une jouabilité foireuse. Certains mouvements sont horribles à manier, tel le vol de Tails, et on se paume un nombre incalculable de fois dans le vide à cause des rebonds intempestifs dès que l'on accélère un peu. On a la désagréable impression de ne pas pouvoir contrôler les personnages comme il faut et d'être en proie au danger au moindre mouvement brusque. On est définitivement loin du plaisir de manier Mario, surtout si on doit comparer ce Sonic à Super Mario Sunshine. Malgré ses idées intéressantes, Sonic Heroes est donc un jeu qui laisse une impression mitigée, à cause de sensations trop aléatoires. Rien d'infamant, pas de quoi déconseiller le jeu, mais loin d'être aussi jouissif que le premier Sonic Adventure.